Desde 2011
Proyecto de Investigación del Ministerio de Educación y Ciencia: Afinidad, violencia y representación: el impacto exterior de la Monarquía Hispánica (HAR2011-29859-C02-02 Director: Igor Pérez Tostado).

Desde 2010
Proyecto de Investigación del Ministerio de Educación y Ciencia: El Papel de las Repúblicas Europeas en la Conformación del Estado Moderno. ¿Alternativa Modernizadora o Motor del Sistema? (Siglos XVI - XVIII) (HAR2010-19686 Director: Manuel Herrero Sánchez)

http://www.upo.es/investiga/republicas/

Desde 2009
Proyecto de Investigación de Excelencia Junta de Andalucía: Nuevos productos atlánticos. Ciencia, Guerra, Economía y Consumo en la Espanña del Antiguo Régimen. El caso andaluz: 1492-1824 (P09-HUM-5330. Director: Bartolomé Yun Casalilla).

http://www.upo.es/investiga/productos-atlanticos

Desde 2005
Participación como Nodo Atlántico en la Red temática de investigación COLUMNARIA, Ultraque Unum dirigida por José Javier Ruiz Ibáñez, Gaetano Sabatini y Pedro Cardim. Financiado por la Fundación Séneca de la Consejería de Ciencias, Tecnología, Industria y Comercio de Murcia (02/PH/05 entre 2005 y 2007 y 01/PHAE/07 desde 2008). Red Columnaria

Desde 2001
Grupo PAI de Investigación Estudios sobre Europa el mundo mediterráneo y su difusión atlántica  (HUM-680. Responsable: Juan Fernández Valverde)

2007-2013
The Hispanic Baroque: Complexity in the First Atlantic Culture, dirigido por Juan Luis Suárez (Universidad de Western Ontario, Canadá) en el modulo Conflicting Identities and Representations coordinado por Jesús Pérez Magallón (Universidad McGill, Canadá) y financiado por el Social Sciences and Humanities Research Council of Canada (SSHRC) del tipo MCRI (Major Collaborative Research Initiatives).

http://www.hispanicbaroque.ca/

2009-2012
War, Commerce and Neutrality in the Old Regime Europe (1648-1789), coordinado por Antonella Alimento de la Universidad de Pisa y en el que participan profesores de la Universidad Erasmo de Rótterdam, París I Sorbona, Ca’Foscari de Venecia y École Pratique des Hautes Études.

http://www.storia.unipi.it/cooperazioneinternazionale/portifranchi/index.htm

2006-2009
Proyecto de investigación titulado Una república mercantil en una Europa de príncipes. Naturaleza y transformaciones en el agregado imperial hispano-genovés (1528-1700), concedido por el Ministerio de Educación y Ciencia (HUM2006-10206).

http://www.genovamonarquiahispanica.org/joomla/

2006-2009
Proyecto de Investigación de Excelencia: Estudios sobre Europa, el mundo mediterráneo y su difusión atlántica (HUM 1305. Director: José María Contreras Mazario).

2005-2009
Programa de doctorado europeo del programa Marie Curie del IV programa marco sobre Social History of Europe and the Mediterranean. Building on the past (MEST-CT-2004-007066). Renovación del anterior programa con la incorporación de las universidades de Lisboa, Atenas, Estocolmo y l’École Normale Supérieure de París. Se suman a la Università Ca’Foscari de Venecia, la Universidad de Bielefeld, la Universidad de Groninga, la Academia Eslovaca de las Ciencias, el University Collage de Londres y la Universidad Pablo de Olavide. http://virgo.unive.it/eurodoct/ed//

2005-2008
La comunidad irlandesa en la Monarquía Hispánica (siglos XVI-XVIII): identidad e integración social, Ministerio de Educación y Ciencia. Participan las universidades de La Rioja, Pablo de Olavide, University of Ireland Maynooth, Trinity Collage Dublín y el Instituto de Historia (CSIC), siendo el investigador principal Enrique García Hernán.

http://www.irishinspain.org/