Nacido en Sevilla en 1959, casado y con dos hijos, se licenció en biología en la Universidad de Sevilla y realizó su Doctorado en el Departamento de Genética de esa misma Universidad. La tesis versó sobre la genética de las levaduras del vino, los organismos más tolerantes a alcohol que existen en la naturaleza (Tesis que obtuvo el Premio Ayuntamiento de Sevilla en 1987). Su formación doctoral se completó en el Gulbenkian Institute of Science (Oeiras, Portugal), y la posdoctoral en el Imperial Cancer Research Fund. (Londres), y en la Universidad de Oxford (de la mano del Premio Nobel Paul Nurse), estudiando cambios genéticos en el control de la célula que pueden dar lugar a un cáncer. Estas estancias aprendiendo de los más prestigiosos investigadores en el campo de la Genética han hecho posible que hoy forme parte de un sólido grupo de investigación en la UPO. Ha desarrollado numerosos proyectos europeos, nacionales y regionales, y ha publicado mas de 40 trabajos internacionales, que le han valido el reconocimiento de cuatro tramos de investigación por parte de la Comisión Nacional de Evaluación de la Actividad Investigadora.

Pero su carrera investigadora siempre ha estado aparejada a la docente, una actividad que lleva ejerciendo más de 25 años. Ha sido profesor en las Universidades de Sevilla, Oxford, Málaga y Pablo de Olavide. Ha participado en iniciativas de innovación docente por autoaprendizaje en colaboración con el ICE (Univ. De Málaga) y en varios cursos de posgrado con mención de calidad. El contacto con estudiantes de grado, postgrado y doctorandos (ha tenido el honor de dirigir diez tesis doctorales, dos con premio extraordinario) le ha supuesto un estímulo permanente al tener la oportunidad de compartir lo que se aprende con jóvenes en formación.

Además de la docencia y la investigación, Juan Jiménez ha dedicado parte de su esfuerzo a la gestión, especialmente en la Universidad de Málaga y en la UPO. En particular, en la UPO, ha formado parte del Claustro desde su constitución, ha sido Vicerrector de Investigación y Rector Accidental (2001-2003), y Director del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (2003-2007).

Ha asumido también tareas de gestión de proyectos como miembro de la Comisión Evaluadora de Proyectos de Investigación del Plan Nacional (1997-1998), Vocal de la Ponencia de Ciencias de la Vida de la Consejería de Educación y Ciencia (2000-2001) y Miembro de la Comisión de Infraestructura Científica del Instituto Carlos III (2006).

Actualmente es catedrático de Genética en la UPO e investigador principal del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD), centro al que se incorporó en 1998 desde su Cátedra de la Universidad de Málaga.