Fue fundada por Juan Pérez de Guevara, en 1540 con el nombre de Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba, convirtiéndose así en la primera ciudad española de la amazonía peruana. Durante el periodo colonial y hasta inicios del siglo XX la ciudad se encontraba centrada en la producción agrícola, destacando el tabaco y el algodón como sus cultivos de mayor rentabilidad. Su ubicación en un estrecho valle conformó su trazado urbano que aunque posee traza regular hipodámica se extiende ajustándose a la sinuosa forma del valle. Este plano esta contenido en el Atlas Geográfico del Perú de Mariano Felipe Paz Soldán, uno de los primeros atlas confeccionados tras la independencia del país andino. El atlas contenía cuarenta y cinco mapas y planos completados con una profusa información estadística sobre las localidades topografiadas. Como complemento a los mapas y planos el atlas incluía veintitrés fotografías y dibujos sobre las zonas que visitaron los autores.