Análisis bioinformático de mutaciones en genes codificantes de proteínas

Descripción

Los expertos de la Universidad Pablo de  Olavide tienen la capacidad de realizar análisis de secuencias génicas o proteicas específicas, para determinar su posible función, o para predecir cómo puede afectar una determinada mutación a esta función, incluyendo análisis de la estructura 3D. 

 

Necesidad o problema que resuelve

  • Comprender mejor las consecuencias de las mutaciones que afectan a determinados genes y las proteínas asociadas, para los que se espera encontrar y anotar sus regiones y posiciones esenciales, describir su conjunto de dominios y motivos, ayudándose del estudio de homólogos de otros organismos.
  • Estos análisis podrían tener su uso para describir en detalle las características de genes ligados a determinadas enfermedades y descubrir nuevo conocimiento que pueda ayudar a la investigación y tratamientos para su prevención o cura.
  • Conocer la estructura 3D de una proteína o predecirla por métodos de modelado por homología, y estudiar como se puede afectar esta estructura cuando aparece una determinada mutación.
  • Aportar nueva información de la función de genes huérfanos de los que no se tiene información funcional.
  • Estos análisis se llevarían a cabo localizando homólogos de secuencia en otras especies y realizando alineamientos múltiples para estudiar la conservación de aminoácidos, o llevando a cabo experimentos de minería de datos. Además, se consultarían bases de datos útiles para describir la función de proteínas como UniProt, Pfam o Prosite. Adicionalmente, se utilizarían herramientas propias más específicas para la anotación de secuencias desconocidas como AnaGram, orthoFind o Sma3s.

 

Aspectos Innovadores/Ventajas competitivas

  • Algunas de las herramientas desarrolladas por el grupo y útiles para resolver los problemas propuestos pueden encontrarse en la siguiente web: http://www.bioinfocabd.upo.es.
  • En colaboración con un grupo de científicos del Hospital Virgen del Rocio de Sevilla, el investigador responsable modeló la estructura 3D de una proteína mutante del virus del SIDA -Flor Parra et al. 2010-): http://www.bioinfocabd.upo.es/publicaciones.htm 

Equipamiento científico disponible

Estaciones de trabajo y servidores propios, así como clústeres de supercomputación para alto rendimiento.

Tipos de empresas interesadas

  • Unidades de investigación.
  • Hospitales.
  • Empresas farmacéuticas que hacen I+D.
  • Empresas biotecnológicas.

Nivel de desarrollo

Nivel de desarrollo

Área tecnológica

Tecnologías de la información y de la Comunicación (Tic)Biomedicina y Salud Pública

Equipo de investigación

Grupo de Bioinformática UPO-CABD. Area de Genética. Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Química  > Más ofertas de este grupo


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