Anotación estructural y funcional de genomas, proteomas y transcriptomas

Descripción

Los expertos de la Universidad Pablo de  Olavide tienen la capacidad de anotar genomas, proteomas y transcriptomas, buscando categorías de genes (codificantes y no codificantes) y asignándoles información funcional desde diferentes fuentes. 

Necesidad o problema que resuelve

  • Dado un nuevo genoma, localizar los genes que lo componen (codificantes y no codificantes) y asignar anotaciones funcionales a los genes codificantes de proteínas, tanto en forma de términos GO -ontología de genes- como asignándoles 'Gene names' y descripciones, así como rutas metabólicas ligadas. La anotación funcional también se puede llevar a cabo a partir de un proteoma.
  • Anotar nuevos transcriptomas provenientes de experimentos de microarrays o RNA-Seq, entre otros. La anotación funcional es similar a la de genomas, asignando anotaciones a todas las secuencias del transcriptoma y generando tablas resumen con la distribución de genes por proceso biológico o localización subcelular, dando incluso información sobre relación con enfermedades humanas.
  • Estos análisis se llevarían a cabo utilizando herramientas desarrolladas por el grupo, principalmente Sma3s (la cual ya ha demostrado una gran precisión en genomas bacterianos y eucariotas, así como en transcriptomas del género Solea -los llamados lenguados-, en especies de pino o en transcriptomas de distintas especies de zorro). Para complementar la anotación funcional, se podrían utilizar herramientas como AnaGram/AnaBlast o orthoFind, también desarrolladas y publicadas por el grupo.

 

Aspectos Innovadores/Ventajas competitivas

Equipamiento científico disponible

Estaciones de trabajo y servidores propios, así como clústeres de supercomputación para alto rendimiento.

Tipos de empresas interesadas

  • Grupos de investigación
  • Unidades de investigación
  • Hospitales
  • Empresas farmacéuticas que hacen I+D
  • Empresas biotecnológicas

Nivel de desarrollo

Disponible para el cliente

Área tecnológica

BiotecnologiaTecnologías de la información y de la Comunicación (Tic)

Equipo de investigación

Grupo de Bioinformática UPO-CABD. Area de Genética. Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Química  > Más ofertas de este grupo


Contactar con la OTRI a través de nuestro formulario de contacto



Facebook   Twitter


 NUBE DE TAGS

Accede a la oferta tecnológica de interés para tu empresa desde esta nube de tags.

Acuicultura aditivos Aeroespacial Agricultura Agua aguas residuales Alimentación alimentos funcionales almazaras antienvejecimiento antiinflamatorio antioxidantes Apoptosis Aprendizaje-Servicio ApS Aromas Arqueología Bebidas Big Data bioadsorción Biocarbon biocidas biodiesel Biodiversidad Bioenergética Bioinformática biomasa algal Biomedicina Biopilas Bioquímica Biotecnología bombas de destoxificación bombas destoxificación C.elegans Cáncer cardiovascular Celdas biocombustibles Celiaquía Células madre celulosa CO2 Coeducación Coenzima Q comercio electrónico competencias plurilingües y pluriculturales Compostaje compuestos bioactivos Conservación Construcción Cooperación territorial Cosmética Cultura Deporte Derecho desastres naturales Diabetes Dietética Dispositivo de salto Drosophila Edafología Educación Electricidad emergencias Emociones Empresas de Base Tecnológica Energías renovables enfermedad cardiovascular enfermedad gaucher enfermedad hígado graso no alcohólica (EHGNA) Enfermedades lisosomales Enfermedades mitocondriales Enfermedades raras Entrenamiento deportivo envejecimiento enzimas Estrés hídrico Estudios Sociales explotación FE-SEM Fenotipaje Fibromialgia Fibrosis hepática fotobiorreactores Ganaderia Gestión franquicias Gestión información Hidrógeno Hidroponía hueso aceituna Idiomas igualdad de género Impacto Cruzado Indicadores Infraestructuras inmovilización de enzimas inmunotolerancia Inteligencia Artificial Internet of things (IoT) Jurídicos lactosa macroalgas Maldi-Tof Maquinaria uso industrial material didáctico Materiales medicina regenerativa medioambientales Metagenoteca Métodos Alternativos microalgas microbiota intestinal microscopía Minería de Datos Miniería de Datos modelo formativo MOFs NACH nanopartículas Nanotecnología naturales Neurociencia Neurogestión neuroimagen Neuromanagement Nutrición obesidad infantil ocio Optimización Parkinson Patentes patrimonio Pedagogía perfumes pesticidas plaguicidas Proteómica protocolo LoRa Química Químicas Raman reactores enzimáticos Recursos Marinos Recursos naturales Rendimiento deportivo residuos resonancia magnética riesgo tóxico Robótica Root Simulators Running Salud SCT Seguridad Sensor FBRM Series temporales Sexado Aves Simulación Simulación Molecular Síndrome MELAS smart cities Social Media socialización socioeconómicos Soft Computing spin-off Suero lácteo Tecnologías terremotos Tic toxicología Traducción Transporte trata laboral turismo Valoración funcional vertidos Videojuegos Zeolitas

Contacto


Si tienes cualquier duda o consulta ponte en contacto con nosotros


Contacto

Otri 2.o


Te invitamos a conocer y participar en las diferentes herramientas basadas en la web social donde se encuentra la OTRI

Leer más ...


Contacto