Anotación estructural y funcional de genomas, proteomas y transcriptomas

Descripción

Los expertos de la Universidad Pablo de  Olavide tienen la capacidad de anotar genomas, proteomas y transcriptomas, buscando categorías de genes (codificantes y no codificantes) y asignándoles información funcional desde diferentes fuentes. 

Necesidad o problema que resuelve

  • Dado un nuevo genoma, localizar los genes que lo componen (codificantes y no codificantes) y asignar anotaciones funcionales a los genes codificantes de proteínas, tanto en forma de términos GO -ontología de genes- como asignándoles 'Gene names' y descripciones, así como rutas metabólicas ligadas. La anotación funcional también se puede llevar a cabo a partir de un proteoma.
  • Anotar nuevos transcriptomas provenientes de experimentos de microarrays o RNA-Seq, entre otros. La anotación funcional es similar a la de genomas, asignando anotaciones a todas las secuencias del transcriptoma y generando tablas resumen con la distribución de genes por proceso biológico o localización subcelular, dando incluso información sobre relación con enfermedades humanas.
  • Estos análisis se llevarían a cabo utilizando herramientas desarrolladas por el grupo, principalmente Sma3s (la cual ya ha demostrado una gran precisión en genomas bacterianos y eucariotas, así como en transcriptomas del género Solea -los llamados lenguados-, en especies de pino o en transcriptomas de distintas especies de zorro). Para complementar la anotación funcional, se podrían utilizar herramientas como AnaGram/AnaBlast o orthoFind, también desarrolladas y publicadas por el grupo.

 

Aspectos Innovadores/Ventajas competitivas

Equipamiento científico disponible

Estaciones de trabajo y servidores propios, así como clústeres de supercomputación para alto rendimiento.

Tipos de empresas interesadas

  • Grupos de investigación
  • Unidades de investigación
  • Hospitales
  • Empresas farmacéuticas que hacen I+D
  • Empresas biotecnológicas

Nivel de desarrollo

Disponible para el cliente

Área tecnológica

BiotecnologiaTecnologías de la información y de la Comunicación (Tic)

Equipo de investigación

Grupo de Bioinformática UPO-CABD. Area de Genética. Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Química  > Más ofertas de este grupo


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