{"id":30880362,"date":"2023-11-20T07:39:34","date_gmt":"2023-11-20T06:39:34","guid":{"rendered":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/?p=30880362"},"modified":"2023-11-20T15:52:57","modified_gmt":"2023-11-20T14:52:57","slug":"desvelado-el-mapa-de-genes-esenciales-de-la-bacteria-planctopirus-limnophila","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/ciencia\/2023\/11\/desvelado-el-mapa-de-genes-esenciales-de-la-bacteria-planctopirus-limnophila\/","title":{"rendered":"Desvelado el mapa de genes esenciales de la bacteria Planctopirus limnophila"},"content":{"rendered":"
\"Ejemplos
Ejemplos de la bacteria de inter\u00e9s en este estudio Planctopirus limnophila\/ CABD<\/figcaption><\/figure>\n

Los Planctomycetes constituyen un filo bacteriano que se engloba dentro del superfilo PVC (Planctomycetes-Verrucomicrobia-Chlamydiae<\/em>). Son un grupo de microorganismos muy peculiares, carecen de algunas caracter\u00edsticas bacterianas t\u00edpicas, sin embargo, muestran atributos m\u00e1s comunes de arqueas o c\u00e9lulas eucariotas. Esto hace que desde su descubrimiento hayan generado confusi\u00f3n y hayan estado rodeados de mucha controversia. A pesar de ello, su caracterizaci\u00f3n en detalle ha estado frenada por la falta de herramientas gen\u00e9ticas que permitieran la modificaci\u00f3n de sus genomas. Un equipo del Centro Andaluz de Biolog\u00eda del Desarrollo<\/a>\u00a0liderado por Damien Devos<\/strong> ha desarrollado en\u00a0 2016 las primeras\u00a0 herramientas que est\u00e1n permitiendo descifrar los entresijos de sus fascinantes caracter\u00edsticas (Rivas-Mar\u00edn, et al<\/em>. 2016).<\/p>\n

Con estas herramientas han podido eliminar algunos genes del genoma (gen\u00e9tica reversa) lo cual nos ayuda a la caracterizaci\u00f3n de los mismos. En el caso del estudio de los Planctomycetes, aunque estas herramientas son de gran utilidad, se nos quedan cortas. Ello se debe en parte a que m\u00e1s del 50% de su genoma no tiene una funci\u00f3n definida y en algunos de los que, si tienen una funci\u00f3n asignada, en base a la similitud de su secuencia con organismos modelo, ha cambiado.<\/p>\n

En este punto y tras mutar much\u00edsimos genes sin resultado, Elena Rivas<\/strong> responsable por la parte experimental del proyecto nos cuenta que \u201cnos planteamos que era el momento de desarrollar una herramienta a mayor escala, de las famosas ‘high throughput’, que nos permitiera tener un esquema del genoma completo en cuanto a la esencialidad de sus genes\u201d. Ya que la esencialidad da much\u00edsimas pistas en cuanto a la funci\u00f3n de un gen. De esta forma no se tendr\u00eda que ir eliminando gen a gen, sino que se podr\u00eda tener una visi\u00f3n global.<\/p>\n

Con este fin, el grupo de investigaci\u00f3n ha llevado a cabo una transposici\u00f3n masiva, es decir, hacer millones de mutantes y buscar donde residen todas esas mutaciones en el genoma. Aquellas zonas del genoma en que no hubiera mutaciones ser\u00edan las esenciales. El genoma del organismo favorito de este equipo solo contiene aproximadamente 5.000 genes, pero cada gen debe mutarse en diferentes sitios para poder decir con certeza que es prescindible en la condici\u00f3n de estudio.<\/p>\n

Parte del estudio ha incluido poner a prueba muchas herramientas que funcionan normalmente en bacterias y finalmente encontrado una t\u00e9cnica que era funcional en Planctomycetes. Tras optimizar y repetir el experimento muchas veces han obtenido m\u00e1s de un mill\u00f3n de mutantes. Gracias a la secuenciaci\u00f3n y localizaci\u00f3n de las inserciones en estos mutantes, han obtenido informaci\u00f3n sobre la esencialidad de todos y cada uno de los elementos gen\u00e9ticos que componen el genoma de Planctopirus limnophila<\/em>, el Planctomycete de estudio.<\/p>\n

Nuevas v\u00edas de investigaci\u00f3n futura<\/strong><\/h3>\n

La importancia del estudio publicado en la prestigiosa revista Nature Communications<\/em> reside en que puede usarse como informaci\u00f3n basal para cualquier proyecto realizado en esta bacteria. El grupo liderado por Devos est\u00e1 interesado en procesos biol\u00f3gicos que incluyen la divisi\u00f3n celular y la s\u00edntesis de peptidoglicano, y han podido saber que la mayor parte de los genes anotados como genes de divisi\u00f3n celular o s\u00edntesis de peptidoglicano no son esenciales. Teniendo en cuenta que todos los organismos deben dividirse, es una funci\u00f3n central en la bacteria, ha sugerido a los investigadores que m\u00e1s que guiarse por otras especies, que habr\u00eda que poner atenci\u00f3n en esos genes de funci\u00f3n desconocida pero esenciales. El mapa de esencialidad obtenido en este estudio sirve como filtro para la planificaci\u00f3n de proyectos futuros. Con las limitaciones de las herramientas a gran escala, que permiten hacer un primero cribado, que despu\u00e9s hay que corroborar en detalle.<\/p>\n

Teniendo este estudio como referencia, el grupo de investigaci\u00f3n est\u00e1 probando si en distintas condiciones de crecimiento llevan a cambios en la esencialidad en funci\u00f3n de las condiciones. Hay que resaltar que hay una serie de genes que son necesarios en todas las condiciones, porque son muy basales en el funcionamiento de las bacterias, sin embargo, otros solo ser\u00e1n necesarios en determinadas circunstancias. Por \u00faltimo, esta t\u00e9cnica se podr\u00eda adaptar a otras especies de estudio, ya que no todo lo que es esencial en una bacteria es esencial para otra.<\/p>\n

Referencia:
\n<\/strong>Rivas-Marin E., Moyano-Palazuelo D., Henriques V., Merino E., Devos D.\u00a0<\/sup>Essential gene complement of Planctopirus limnophila <\/em>from the bacterial phylum Planctomycetes<\/em>\u00a0<\/strong>Nature Communications<\/em>.<\/p>\n

Fuente:\u00a0CSIC Comunicaci\u00f3n Andaluc\u00eda y Extremadura<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Un estudio del Centro Andaluz de Biolog\u00eda del Desarrollo (CABD) muestra que despu\u00e9s de hacer millones de mutantes y buscar donde residen todas esas mutaciones en el genoma, se ha conseguido tener informaci\u00f3n sobre la esencialidad de todos y cada uno de los elementos gen\u00e9ticos que componen el genoma de Planctopirus limnophila, nuestro Planctomycete de estudio.<\/p>","protected":false},"author":6,"featured_media":30880363,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[3],"tags":[7938,43,42],"class_list":["post-30880362","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia","tag-bacterias","tag-cabd","tag-genetica"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30880362","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=30880362"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30880362\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":30880367,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30880362\/revisions\/30880367"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/30880363"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=30880362"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=30880362"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=30880362"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}