{"id":10934148,"date":"2015-10-30T13:07:56","date_gmt":"2015-10-30T13:07:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/?p=10934148"},"modified":"2015-11-03T13:10:02","modified_gmt":"2015-11-03T13:10:02","slug":"en-busca-de-los-genes-perdidos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/ciencia\/2015\/10\/en-busca-de-los-genes-perdidos\/","title":{"rendered":"Cient\u00edficos del CABD desarrollan un programa bioinform\u00e1tico que identifica fragmentos ‘f\u00f3siles’ de genes"},"content":{"rendered":"
\"Juan<\/a>
Juan Jim\u00e9nez y Antonio P\u00e9rez-Pulido<\/figcaption><\/figure>\n

Nada como leer un libro para comprender su contenido, y en eso anda la biolog\u00eda moderna, en plena euforia literaria leyendo genomas a destajo. Las t\u00e9cnicas actuales de secuenciaci\u00f3n de ADN hacen que sean miles las secuencias de genomas completos disponibles para su an\u00e1lisis, y como en los libros, leer la secuencia de ADN es posiblemente la mejor forma de entender la informaci\u00f3n que contienen.<\/p>\n

Un aspecto fundamental para entender la informaci\u00f3n de un genoma consiste en anotar todos sus genes, y en esa tarea es imprescindible el uso de programas bioinform\u00e1ticos que identifican d\u00f3nde comienza y d\u00f3nde termina cada gen. Se conocen ya tantos millones de genes, que una forma pr\u00e1ctica para identificar los genes en un nuevo genoma es buscar la existencia de genes parecidos en otros. Pero cuando hablamos de genes muy diferenciados, sin parecido obvio con otros, o genes donde su comienzo y final no es f\u00e1cil de delimitar, su b\u00fasqueda es dif\u00edcil y con frecuencia estos genes m\u00e1s complejos y novedosos pasan desapercibidos.<\/p>\n

\"AnABlast<\/a>
AnABlast identifica las regiones de ADN con informaci\u00f3n para codificar una prote\u00edna en base a un alto n\u00famero de secuencias acumuladas. La ausencia de ac\u00famulo es indicativo de una regi\u00f3n entre genes, que no codifica prote\u00ednas.<\/figcaption><\/figure>\n

Los investigadores Juan Jim\u00e9nez y Antonio P\u00e9rez-Pulido, del Centro Andaluz de Biolog\u00eda del Desarrollo (Universidad Pablo de Olavide-CSIC-Junta de Andaluc\u00eda), han desarrollado una nueva estrategia in s\u00edlico para encontrar genes y fragmentos \u201cf\u00f3siles\u201d de genes en los genomas, incluso cuando esos genes o fragmentos no tengan parecido con otros genes conocidos, o est\u00e9n tan fragmentados que no se identifiquen inicio y fin de su secuencia codificadora<\/strong>. La estrategia es parecida a la que se usa para descifrar mensajes codificados de los esp\u00edas. Aunque no se sepa lo que significa, una peque\u00f1a secuencia que se encuentra con m\u00e1s frecuencia que el azar en un texto posiblemente es una secuencia que significa algo, y esa idea, aplicada al an\u00e1lisis de la secuencia de un genoma, es lo que le ha permitido a los autores desarrollar un programa bioinform\u00e1tico (AnABlast), que discrimina d\u00f3nde hay informaci\u00f3n con significado biol\u00f3gico simplemente por su alta frecuencia en las bases de datos respecto a la frecuencia por azar. As\u00ed, AnABlast permite discernir regiones con genes (que codifican prote\u00ednas) de las que no.<\/p>\n

Los autores han aplicado el nuevo m\u00e9todo al genoma completo de la levadura de fisi\u00f3n, y aun siendo uno de los organismos modelo mejor estudiados, el an\u00e1lisis con AnABlast les ha permitido identificar varios genes nuevos que pasaron desapercibidos en los procedimientos convencionales de anotaci\u00f3n de genes. Incluso se encuentran fragmentos \u201cf\u00f3siles\u201d provenientes de otros genomas, o de reordenaciones ancestrales, algo que sin duda ayuda a entender la historia evolutiva de cada genoma. Adem\u00e1s de la levadura, han demostrado que AnABlast es igualmente \u00fatil en genomas de organismos superiores como el del gusano C. elegans, lo que pronto les llevar\u00e1 a realizar el an\u00e1lisis AnaBlast del genoma humano.<\/p>\n

En este trabajo ha colaborado el grupo dirigido por Juan Mata, del departamento de Bioqu\u00edmica de la Universidad de Cambridge (Reino Unido), y se ha publicado en DNA Research<\/i>, revista especializada en el an\u00e1lisis de genomas.<\/p>\n

AnABlast: a new in silico strategy for the genome-wide search of novel genes and fossil regions.
\n<\/b>Juan Jim\u00e9nez, Caia D. S. Duncan, Mar\u00eda Gallardo, Juan Mata, and Antonio J. Perez-Pulido. Centro Andaluz de Biolog\u00eda del Desarrollo, Universidad Pablo de Olavide de Sevilla\/CSIC, Sevilla, Spain, and Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK.
\nhttp:\/\/dnaresearch.oxfordjournals.org\/content\/early\/2015\/10\/21\/dnares.dsv025.full<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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