{"id":30861448,"date":"2020-07-14T13:24:20","date_gmt":"2020-07-14T11:24:20","guid":{"rendered":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/?p=30861448"},"modified":"2020-07-20T11:10:46","modified_gmt":"2020-07-20T09:10:46","slug":"buscando-genes-perdidos-del-genoma-humano","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/ciencia\/2020\/07\/buscando-genes-perdidos-del-genoma-humano\/","title":{"rendered":"La UPO \u2018rebusca\u2019 peque\u00f1os genes perdidos del genoma humano"},"content":{"rendered":"
\"Antonio<\/a>
Antonio P\u00e9rez Pulido, Juan Jim\u00e9nez, Manuel Mu\u00f1oz y Andr\u00e9s Garz\u00f3n<\/figcaption><\/figure>\n

Comparar la gen\u00e9tica con un libro que debe ser entendido y descifrado ayuda a comprender el paso que ha dado el equipo de investigaci\u00f3n de la Universidad Pablo de Olavide, liderado por Juan Jim\u00e9nez<\/strong> y Antonio P\u00e9rez Pulido<\/strong>, tras desarrollar una herramienta bioinform\u00e1tica para buscar peque\u00f1os genes perdidos en genomas secuenciados. \u201cPara entender el significado de un libro no hay nada como leer su contenido y en el siglo XXI, leer la secuencia de los millones de millones de letras (nucle\u00f3tidos) que conforman el texto de un genoma es una rutina para entender su contenido, para descifrar el significado de la informaci\u00f3n gen\u00e9tica de los seres vivos\u201d, explican los investigadores, que aclaran que la tarea de entender el significado del texto de un genoma pasa por identificar las \u2018frases\u2019 que contiene, es decir, en t\u00e9rminos gen\u00e9ticos, identificar sus genes y anotarlos en el genoma. Esta ingente tarea solo se puede abordar con programas bioinform\u00e1ticos que, aplicando reglas universales del lenguaje de los genes, delimitan donde comienza y donde termina cada uno, o al menos, donde comienza y termina la parte del gen que codifica para una prote\u00edna (lo que se conoce como ORF).<\/p>\n

AnABlast permite identificar genes donde ning\u00fan otro programa lo hace<\/p><\/blockquote>\n

Lamentablemente, como subrayan los investigadores, a pesar de contar con excelentes programas de an\u00e1lisis computacional, esas reglas tienen muchas limitaciones y m\u00e1s del 20% de los genes escapan a un escrutinio b\u00e1sico a la hora de anotarlos en el genoma<\/strong>. La identificaci\u00f3n es especialmente dif\u00edcil en el caso de genes muy peque\u00f1os, que codifican para peque\u00f1os p\u00e9ptidos bioactivos (sORFs) que en estos programas pasan por ser secuencias aleatorias, sin significado biol\u00f3gico.<\/p>\n

Es por ello que el equipo de la UPO ha desarrollado esta herramienta bioinform\u00e1tica completamente diferente para la b\u00fasqueda de ORFs, un algoritmo que busca peque\u00f1as secuencias de un genoma que codifican p\u00e9ptidos presentes en muchas prote\u00ednas distintas, \u2018palabras\u2019 que con frecuencia se encuentran en muchas otras frases. De esta forma, identifican secuencias del genoma que con alta probabilidad codifican para prote\u00ednas<\/strong>.<\/p>\n

Ese algoritmo, llamado AnABlast, permite identificar genes donde ning\u00fan otro programa lo hace<\/strong>. Aplicando el an\u00e1lisis AnABlast en el genoma completo del nematodo C. elegans (un modelo biol\u00f3gico de laboratorio), estos profesores, en colaboraci\u00f3n con Manuel Mu\u00f1oz<\/strong> y Andr\u00e9s Garz\u00f3n<\/strong> y otros miembros del grupo de investigaci\u00f3n de Bioinform\u00e1tica para el an\u00e1lisis de secuencias biol\u00f3gicas, tambi\u00e9n profesores de la\u00a0 UPO e investigadores en el Centro Andaluz de Biolog\u00eda del Desarrollo, han logrado identificar 82 nuevos sORFs en este organismo, varios de los cuales se demuestra experimentalmente que codifican p\u00e9ptidos bioactivos porque cuando se reduce su funci\u00f3n, el nematodo no completa normalmente su desarrollo embrionario.<\/p>\n

AnABlast, por tanto, supone una nueva estrategia bioinform\u00e1tica para \u2018rebuscar\u2019 genes perdidos en genomas secuenciados<\/strong>, una aproximaci\u00f3n especialmente \u00fatil para encontrar aquellos genes que codifican p\u00e9ptidos muy peque\u00f1os (sORFs) que no se encuentran con otras aplicaciones. Tras demostrar que esta herramienta funciona con el genoma de un nematodo, el equipo de cient\u00edficos explica que ha comenzado \u201cla fascinante tarea de rebuscar los \u2018genes perdidos\u2019 del genoma humano\u201d.<\/p>\n

El trabajo parte de la tesis doctoral de Carlos S. Casimiro-Soriguer<\/strong> y ha sido publicado en Bioinformatics, <\/em>una revista cient\u00edfica de referencia en este campo de estudio.<\/p>\n

Art\u00edculo completo:<\/strong> C S Casimiro-Soriguer,\u00a0M M Rigual,\u00a0A M Brokate-Llanos,\u00a0M J Mu\u00f1oz,\u00a0A Garz\u00f3n,\u00a0A J P\u00e9rez-Pulido,\u00a0J Jimenez \u2018Using AnABlast for intergenic sORF prediction in the\u00a0C. elegans<\/em>\u00a0genome\u2019<\/strong> Bioinformatics, <\/em>julio2020. DOI: 10.1093\/bioinformatics\/btaa608<\/a><\/u><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Profesores de la Universidad Pablo de Olavide desarrollan AnABlast, una herramienta bioinform\u00e1tica para buscar peque\u00f1os genes perdidos en genomas secuenciados.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":30861449,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[3],"tags":[6656,4768,1912,43,1131,42,631,406],"class_list":["post-30861448","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia","tag-algoritmos","tag-antonio-j-perez-pulido","tag-bioinformatica","tag-cabd","tag-genes","tag-genetica","tag-juan-jimenez","tag-publicacion"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30861448","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=30861448"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30861448\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":30861452,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30861448\/revisions\/30861452"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/media\/30861449"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=30861448"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=30861448"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.upo.es\/diario\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=30861448"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}