El primer hijo de la pareja, Juan, recibió el nombre en recuerdo de su abuelo paterno. El segundo hijo, Bartolomé, nacido en 1591, murió muy joven, y su nombre sería dado al futuro pintor veintiséis años más tarde.
Lo mismo ocurrió con la primera hija, María, nacida en 1597, y que debió fallecer a una edad muy temprana, puesto que en 1606 su nombre fue recibido por el décimo vástago.
Ana, la novena hermana, sería la más importante para Murillo. Nació en 1604 y fue bautizada por el abad Gordillo. Contrajo matrimonio por primera vez a los trece años con Cristóbal Sánchez. Fue la primera en cambiar su segundo apellido de Pérez a Murillo. Sus hijos llevarían como segundo apellido el de Murillo. En 1625, después de fallecer su primer marido, se casó con Agustín Lagares, originario de Baena, con el que tuvo cinco hijos que se criaron junto a su joven tío, Bartolomé, nacido a finales de 1617, y que al quedarse huérfano tan joven, fue tutelado por su hermana Ana y su marido Agustín. Fue bautizado en la parroquia de la Magdalena el 1 de enero de 1618.
No tenemos muchas más noticias de la infancia y la juventud del pintor hasta su matrimonio con Beatriz Cabrera. Ambos debieron conocerse jóvenes, ya que ella vivió con su tío en la misma calle que la familia de Murillo.
Ambos se casaron el 26 de febrero de 1645 en la parroquia de Santa María Magdalena, y del matrimonio llegarían diez hijos.