Investigación

Científicos del CABD desarrollan un programa bioinformático que identifica fragmentos ‘fósiles’ de genes

Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido
Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido

Nada como leer un libro para comprender su contenido, y en eso anda la biología moderna, en plena euforia literaria leyendo genomas a destajo. Las técnicas actuales de secuenciación de ADN hacen que sean miles las secuencias de genomas completos disponibles para su análisis, y como en los libros, leer la secuencia de ADN es posiblemente la mejor forma de entender la información que contienen.

Un aspecto fundamental para entender la información de un genoma consiste en anotar todos sus genes, y en esa tarea es imprescindible el uso de programas bioinformáticos que identifican dónde comienza y dónde termina cada gen. Se conocen ya tantos millones de genes, que una forma práctica para identificar los genes en un nuevo genoma es buscar la existencia de genes parecidos en otros. Pero cuando hablamos de genes muy diferenciados, sin parecido obvio con otros, o genes donde su comienzo y final no es fácil de delimitar, su búsqueda es difícil y con frecuencia estos genes más complejos y novedosos pasan desapercibidos.

AnABlast identifica las regiones de ADN con información para codificar una proteína en base a un alto número de secuencias acumuladas. La ausencia de acúmulo es indicativo de una región entre genes, que no codifica proteínas.
AnABlast identifica las regiones de ADN con información para codificar una proteína en base a un alto número de secuencias acumuladas. La ausencia de acúmulo es indicativo de una región entre genes, que no codifica proteínas.

Los investigadores Juan Jiménez y Antonio Pérez-Pulido, del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (Universidad Pablo de Olavide-CSIC-Junta de Andalucía), han desarrollado una nueva estrategia in sílico para encontrar genes y fragmentos “fósiles” de genes en los genomas, incluso cuando esos genes o fragmentos no tengan parecido con otros genes conocidos, o estén tan fragmentados que no se identifiquen inicio y fin de su secuencia codificadora. La estrategia es parecida a la que se usa para descifrar mensajes codificados de los espías. Aunque no se sepa lo que significa, una pequeña secuencia que se encuentra con más frecuencia que el azar en un texto posiblemente es una secuencia que significa algo, y esa idea, aplicada al análisis de la secuencia de un genoma, es lo que le ha permitido a los autores desarrollar un programa bioinformático (AnABlast), que discrimina dónde hay información con significado biológico simplemente por su alta frecuencia en las bases de datos respecto a la frecuencia por azar. Así, AnABlast permite discernir regiones con genes (que codifican proteínas) de las que no.

Los autores han aplicado el nuevo método al genoma completo de la levadura de fisión, y aun siendo uno de los organismos modelo mejor estudiados, el análisis con AnABlast les ha permitido identificar varios genes nuevos que pasaron desapercibidos en los procedimientos convencionales de anotación de genes. Incluso se encuentran fragmentos “fósiles” provenientes de otros genomas, o de reordenaciones ancestrales, algo que sin duda ayuda a entender la historia evolutiva de cada genoma. Además de la levadura, han demostrado que AnABlast es igualmente útil en genomas de organismos superiores como el del gusano C. elegans, lo que pronto les llevará a realizar el análisis AnaBlast del genoma humano.

En este trabajo ha colaborado el grupo dirigido por Juan Mata, del departamento de Bioquímica de la Universidad de Cambridge (Reino Unido), y se ha publicado en DNA Research, revista especializada en el análisis de genomas.

AnABlast: a new in silico strategy for the genome-wide search of novel genes and fossil regions.
Juan Jiménez, Caia D. S. Duncan, María Gallardo, Juan Mata, and Antonio J. Perez-Pulido. Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, Universidad Pablo de Olavide de Sevilla/CSIC, Sevilla, Spain, and Department of Biochemistry, University of Cambridge, Cambridge, UK.
http://dnaresearch.oxfordjournals.org/content/early/2015/10/21/dnares.dsv025.full

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🌍 Nuestra enhorabuena al profesor @mrtorsor , catedrático de Ciencias Políticas y de la Administración de la UPO, reconocido en un reciente estudio internacional como una de las grandes referencias en la investigación sobre terrorismo yihadista.El trabajo, publicado en el repositorio SSRN (Authorship Patterns in Jihadism Research, Mark Berlin y Sedef Topal, 2025), ha analizado más de 1.200 artículos académicos y sitúa al profesor Torres como un autor clave en este campo, con aportaciones que han marcado la investigación en seguridad y prevención de la radicalización.📚 Con títulos como El Eco del Terror, Al Andalus 2.0 o Espejismos del Mañana, su trayectoria consolida a la Universidad Pablo de Olavide como un referente en el estudio del extremismo violento.🌍 Su labor también ha dejado huella en organismos internacionales, como el European Counter-Terrorism Centre de Europol.Un reconocimiento más que merecido. ¡Felicidades, profesor Torres!#UPOinvestiga #terrorismoyihadista #terrorismo #expertosUPO
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1 day ago
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🌿 Damos un paso importante en nuestro compromiso con la ciencia y la biodiversidad: ayer inauguramos el Herbario UPOS, un espacio que ya reúne más de 25.000 ejemplares vegetales y que forma parte de la red internacional Index Herbariorum.Este herbario, ubicado en el Edificio 23, es mucho más que una colección científica. Aquí se conservan y estudian plantas de distintos lugares del mundo, con especial atención a la flora mediterránea y europea, para ponerlas al servicio de la investigación, la docencia y la conservación 🔬.La inauguración, presidida por nuestro rector @pacooliva.upo junto al profesor Modesto Luceño, fundador y conservador del Herbario, es un paso más en nuestro compromiso con la ciencia, la sostenibilidad y la conservación de la biodiversidad.Como ha destacado nuestro rector Francisco Oliva, se trata de “una enciclopedia vegetal que nos servirá para hacer investigación e historia viva en un campus como el nuestro que protege la biodiversidad. La investigación es lo que nos diferencia y lo que nos permite innovar y transferir conocimiento a la sociedad”.En palabras de Pedro Jiménez, próximo conservador del Herbario, “inauguramos un archivo de biodiversidad que documenta cómo fueron y cómo son estas plantas, dejando constancia para el futuro”.🌎 El Herbario UPOS es una ventana a la riqueza vegetal que nos rodea y una invitación a seguir investigando y valorando la naturaleza.Te dejamos la noticia completa en el link de la Bio.#HerbarioUPOS #botánica #UPOinvestiga #biodiversidad #herbario #plantas #flora #UniversidadPablodeOlavide
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🌿✨ El II Congreso Español de Botánica (SEBOT 2025) ha reunido en la Universidad Pablo de Olavide a la comunidad científica y amantes de la botánica para reflexionar sobre la diversidad vegetal y el futuro de su conservación.👏 Gracias a todas y todos los participantes por convertir Sevilla en el epicentro de la botánica durante estos días.#SEBOT2025 #Botánica #UPOinvestiga #LaOlavideEresTú
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2 days ago
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👟 Hoy hemos dado la bienvenida a nuestras y nuestros deportistas de alto nivel y alto rendimiento (DAN/DAR).👉 En el acto, el vicerrector de Campus Saludable y Deporte, Antonio Fernández, ha presentado también el Estatuto del Deportista de la UPO y el nuevo programa UPO Sport Talent, creado para impulsar a estudiantes con gran proyección que compaginan su carrera académica con la deportiva🏅Esta actividad forma parte de la Semana Europea del Deporte, la iniciativa de la Comisión Europea que en 2025 cumple 10 años bajo el lema #BeActive, Move with us, Grow with us.📅 Del 23 al 30 de septiembre, nuestro campus será escenario de actividades abiertas a toda la comunidad universitaria para fomentar la salud, el bienestar y la práctica deportiva.Consulta aquí el programa de actividades: https://www.upo.es/sdupo/es/actividades/sed/#BeActive #SemanaEuropeaDelDeporte #UPOSportTalent #LaOlavideEresTú #estudiantes #Deporte
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2 days ago
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📢 Atención estudiantes de Grado,próximamente se abrirá el plazo para solicitar:✅ Convocatoria extraordinaria de noviembre (asignaturas)✅ Convocatoria extraordinaria de TFG y Prácticas Externas📅 Del 1 al 8 de octubre de 2025⏰ Desde las 8:00 h del día 1 hasta las 23:59 h del día 8 (ambos inclusive).📝 La solicitud deberá realizarse dentro del plazo a través del formulario habilitado en vuestros servicios personalizados en la web de la UPO.🔗 +info 👉 enlace en la Bio.#estudiantes #ConvocatoriasExtraordinarias #LaOlavideEresTú
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2 days ago
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El otoño está llegando 🍁🍃📚#bienvenidootoño #campusUPO #universidadpablodeolavide
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3 days ago
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🧪 El rector ha visitado esta mañana el nuevo edificio del Servicio Central de Animalario, una infraestructura que amplía de manera significativa la capacidad de experimentación científica en nuestro campus.🏢 Con esta ampliación, el Animalario de la UPO se consolida como una plataforma de referencia internacional, al servicio de la comunidad investigadora de la universidad, del @cabdivulgacion y de entidades colaboradoras de todo el mundo.🔗 Noticia completa en el link de la Bio.#campusUPO #investigación #instalaciones #UniversidadPablodeOlavide
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3 days ago
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🌈 La Universidad Pablo de Olavide ha recibido el Premio @fundacionmanolitachen 2025 a la Iniciativa Educativa por su compromiso en la creación de espacios seguros y libres de discriminación.El galardón se recogió este sábado en Torremolinos por Mónica Domínguez Serrano, delegada del rector para la Igualdad de Género, y Laura López de la Cruz, vicerrectora de Relaciones Institucionales, Formación Permanente y Fundaciones.🤝 Desde el Complejo Universitario Flora Tristán, la colaboración con la Fundación Manolita Chen nos permite apoyar a personas LGTBIQ+ en situación de especial vulnerabilidad, reafirmando nuestro compromiso con la diversidad y la inclusión.💜 Nuestro agradecimiento a la Fundación Manolita Chen por este premio y, sobre todo, por su dedicación constante al colectivo LGTBIQ+.#PremiosManolitaChen #IgualdadUPO #LaOlavideEresTú
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