Investigación

La UPO ‘rebusca’ pequeños genes perdidos del genoma humano

Antonio Pérez Pulido, Juan Jiménez, Manuel Muñoz y Andrés Garzón
Antonio Pérez Pulido, Juan Jiménez, Manuel Muñoz y Andrés Garzón

Comparar la genética con un libro que debe ser entendido y descifrado ayuda a comprender el paso que ha dado el equipo de investigación de la Universidad Pablo de Olavide, liderado por Juan Jiménez y Antonio Pérez Pulido, tras desarrollar una herramienta bioinformática para buscar pequeños genes perdidos en genomas secuenciados. “Para entender el significado de un libro no hay nada como leer su contenido y en el siglo XXI, leer la secuencia de los millones de millones de letras (nucleótidos) que conforman el texto de un genoma es una rutina para entender su contenido, para descifrar el significado de la información genética de los seres vivos”, explican los investigadores, que aclaran que la tarea de entender el significado del texto de un genoma pasa por identificar las ‘frases’ que contiene, es decir, en términos genéticos, identificar sus genes y anotarlos en el genoma. Esta ingente tarea solo se puede abordar con programas bioinformáticos que, aplicando reglas universales del lenguaje de los genes, delimitan donde comienza y donde termina cada uno, o al menos, donde comienza y termina la parte del gen que codifica para una proteína (lo que se conoce como ORF).

AnABlast permite identificar genes donde ningún otro programa lo hace

Lamentablemente, como subrayan los investigadores, a pesar de contar con excelentes programas de análisis computacional, esas reglas tienen muchas limitaciones y más del 20% de los genes escapan a un escrutinio básico a la hora de anotarlos en el genoma. La identificación es especialmente difícil en el caso de genes muy pequeños, que codifican para pequeños péptidos bioactivos (sORFs) que en estos programas pasan por ser secuencias aleatorias, sin significado biológico.

Es por ello que el equipo de la UPO ha desarrollado esta herramienta bioinformática completamente diferente para la búsqueda de ORFs, un algoritmo que busca pequeñas secuencias de un genoma que codifican péptidos presentes en muchas proteínas distintas, ‘palabras’ que con frecuencia se encuentran en muchas otras frases. De esta forma, identifican secuencias del genoma que con alta probabilidad codifican para proteínas.

Ese algoritmo, llamado AnABlast, permite identificar genes donde ningún otro programa lo hace. Aplicando el análisis AnABlast en el genoma completo del nematodo C. elegans (un modelo biológico de laboratorio), estos profesores, en colaboración con Manuel Muñoz y Andrés Garzón y otros miembros del grupo de investigación de Bioinformática para el análisis de secuencias biológicas, también profesores de la  UPO e investigadores en el Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, han logrado identificar 82 nuevos sORFs en este organismo, varios de los cuales se demuestra experimentalmente que codifican péptidos bioactivos porque cuando se reduce su función, el nematodo no completa normalmente su desarrollo embrionario.

AnABlast, por tanto, supone una nueva estrategia bioinformática para ‘rebuscar’ genes perdidos en genomas secuenciados, una aproximación especialmente útil para encontrar aquellos genes que codifican péptidos muy pequeños (sORFs) que no se encuentran con otras aplicaciones. Tras demostrar que esta herramienta funciona con el genoma de un nematodo, el equipo de científicos explica que ha comenzado “la fascinante tarea de rebuscar los ‘genes perdidos’ del genoma humano”.

El trabajo parte de la tesis doctoral de Carlos S. Casimiro-Soriguer y ha sido publicado en Bioinformatics, una revista científica de referencia en este campo de estudio.

Artículo completo: C S Casimiro-Soriguer, M M Rigual, A M Brokate-Llanos, M J Muñoz, A Garzón, A J Pérez-Pulido, J Jimenez ‘Using AnABlast for intergenic sORF prediction in the C. elegans genome’ Bioinformatics, julio2020. DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa608

29 abril – 10 h

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4 days ago
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Bajo un sol brillante y en un ambiente familiar, de alegría y compañerismo, cientos de corredores han participado esta mañana en la IX Carrera Popular de la #UPO. Enhorabuena a Said y Lucía por llegar los primeros en una carrera en la que ganamos todos. La recaudación ha sido donada a la Fundación SEHOP para investigar terapias contra el cáncer infantil. #solidaridad #deporte #salud
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6 days ago
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🎓 ¡Ya sois GRADUAD@S! 🥳Ayer despedimos con alegría (y alguna que otra lágrima) a la promoción 2020–2026 del Doble Grado en Administración y Dirección de Empresas y Derecho.Han sido años de esfuerzo, desafíos, aprendizajes… y muchas historias que ya forman parte de la UPO.Desde vuestra universidad, os damos la enhorabuena y os deseamos lo mejor en todo lo que viene.¡Felicidades! 👏👏👏#GraduaciónUPO #Derecho #ADE #LaOlavideEresTú #graduación #UniversidadPablodeOlavide
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1 week ago
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📚 Celebramos el Día Internacional del Libro con las voces que más nos inspiran: las de nuestro estudiantado 💬 💙Compartimos sus libros favoritos, esos que les han marcado, emocionado o hecho pensar. 📖 ¿Y tú? ¿Qué libro no te cansas de recomendar?🤓 Sigamos leyendo, aprendiendo y soñando. ¡Feliz Día del Libro! 📚#DíaDelLibro #libros #estudiantes #LaOlavideEresTú #universidadpablodeolavide #librosrecomendados
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1 week ago
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🎯 ¡Así ha arrancado la Feria #UPOempleo 2025!Networking, orientación, talleres, charlas inspiradoras y contacto directo con empresas que buscan talento universitario como el tuyo 💼💬📅 ¡ Y mañana más! ⏰ De 10:00 a 17 horasSi estás pensando en tu futuro laboral, este es tu lugar.Conecta, pregunta, muévete, ¡y aprovecha todas las oportunidades que tienes a un paso!#FeriaEmpleo #TalentoUPO #OrientaciónLaboral #Empleo #Emprendimiento #UniversidadPablodeOlavide #LaOlavideEresTú
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1 week ago
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Damos el pistoletazo de salida a nuestra participación en la Feria de la Ciencia 2025 en @fibesevilla📍 Stands 82 y 83 a pleno rendimiento con talleres, experimentos, juegos y charlas para acercar la ciencia a todas las edades 🧬🧠⚽🌱🔎 Visualización del cerebro en tiempo real.🐟 Observación de organismos modelo.📊 Retos sociales y ambientales.🧠 Neurociencia, deporte, química, matemáticas, sostenibilidad, sociología… ¡y mucho más!🔗 Investigadoras e investigadores de nuestras facultades y del @cabdivulgacion colaboran para hacer de este evento una experiencia inclusiva, divertida y llena de conocimiento.💬 Y si estás por FIBES, ¡ven a visitarnos!#FeriaCiencia2025 #DivulgaciónCientífica #UPOInvestiga
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1 week ago
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