Investigación

Bioinformática para luchar frente a futuras pandemias bacterianas

Los investigadores Antonio J. Pérez Pulido y Alejandro Rubio.

El desarrollo de proyectos que relacionen los genes que porta una determinada bacteria frente a la virulencia demostrada por la misma es de gran interés para la biomedicina. Conscientes de ello, el grupo de investigación de la Universidad Pablo de Olavide ‘UPOBioinfo’ dirigido por Antonio J. Pérez Pulido, en colaboración con el grupo de ‘Enfermedades Infecciosas’ del Instituto de Biomedicina de Sevilla, estudia los genomas de estas bacterias con la idea de encontrar posibles dianas terapéuticas.

Y es que la lucha frente a las bacterias resistentes a los antibióticos es una batalla que actualmente está perdiendo el ser humano, debido principalmente al mal uso que se ha hecho de estos medicamentos, desde que Alexander Fleming descubriera la penicilina hace ya casi 100 años.

La organización Mundial de la Salud destacó en 2017 al grupo de bacterias ESKAPE como aquéllas patógenas para las que especialmente urge el desarrollo o descubrimiento de nuevos antibióticos. Este grupo está formado por bacterias multirresistentes (con resistencia a la mayoría de antibióticos que se usan actualmente en la práctica clínica) incluyendo especies como Acinetobacter baumannii, o Pseudomonas aeruginosa, con una alta incidencia en infecciones hospitalarias y una elevada morbilidad y mortalidad, o Klebsiella pneumoniae, que causa infecciones oportunistas y está diseminando a nivel mundial resistencias a los antibióticos carbapenémicos (antibióticos de amplio espectro, es decir, eficaces frente a muchos tipos de bacterias).

¿Por qué estudiar el genoma?

El genoma de cualquier organismo comprende las instrucciones moleculares necesarias para su funcionamiento y la transmisión a la descendencia. Pero además de portar las instrucciones para funcionar y transmitirse, el genoma actúa como archivo histórico de la evolución. Así, conocer la fisiología y estructura de las bacterias y los mecanismos de resistencia a los antibióticos hace posible identificar nuevas terapias farmacológicas y diseñar antibióticos específicos para suministrar tratamientos más certeros que combatan las infecciones producidas.

En esta línea, y empleando herramientas bioinformáticas, los resultados del trabajo de estos dos grupos de investigación tienen una doble repercusión. Por un lado, consultando bases de datos internacionales, facilita el etiquetado de nuevos genes y el descarte o reparación de aquéllos que contengan errores en dichas bases de datos. Y, por otro lado, desarrolla un protocolo de análisis de miles de genomas de bacterias, el cual permitirá la caracterización de genes diana para el desarrollo de vacunas u otras formas de lucha frente a las súperbacterias, que se perfilan como la nueva pandemia a la que la humanidad se puede enfrentar en un futuro cercano.

Antonio J. Pérez Pulido y Alejandro Rubio, miembros del grupo de investigación ‘UPOBioinfo’.

“Llevamos muchos años desarrollando una serie de herramientas bioinformáticas que permiten caracterizar fácilmente un genoma bacteriano, encontrando y definiendo los genes que presenta y que podrían ser responsables de su patogenicidad, lo que nos ha permitido estar preparados para analizar en la actualidad los miles de genomas que investigadores de todo el mundo ponen disponibles desde las bases de datos públicas”, explica Antonio Pérez Pulido, quien desarrolla sus investigaciones en el Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD), centro mixto de la Universidad Pablo de Olavide, CSIC y Junta de Andalucía.

Uno de los primeros hallazgos al analizar esta pléyade de datos fue encontrar que los repositorios de genes y proteínas a veces contienen errores, principalmente debido a que no es posible analizar tal cantidad de datos al mismo ritmo que se generan. “Nos encontramos con genes muy ‘raros’ que resultaron ser secuencias CRISPR erróneamente etiquetadas, por lo que informamos a la base de datos para que fueran retirados o convenientemente etiquetados”, afirma el profesor Pérez Pulido.

El siguiente paso fue analizar miles de genomas de bacterias concretas para caracterizar el conjunto de genes diferentes que presentaban, encontrando desde 10 000 hasta 80 000 genes diferentes según la bacteria, siendo las bacterias que presentan más aquéllas que ‘toman prestados’ genes desde otras bacterias. Este tipo de análisis, para lo que utilizan superordenadores como el del C3UPO, les permitió analizar el pasado año todos los genes de la bacteria Helicobacter pylori, la cual aparece en el estómago de la mitad de la población mundial, y, este, mismo año, los genes de las bacterias Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae, aquéllas para las que urge encontrar nuevos antibióticos. Este último trabajo ha sido publicado en la revista más relevante de bioinformática a nivel mundial, Briefings in Bioinformatics.

En concreto, se han etiquetado los miles de genes presentes en miles de genomas de las bacterias mencionadas, y se ha estudiado su evolución dentro de la especie, analizando lo que se denomina presión de selección. De este modo, los hallazgos sugieren que la mayoría de genes cambian lentamente, pero un pequeño grupo de ellos parecen evolucionar de una manera muy rápida. Dentro de estos últimos, el grupo de investigación observó de nuevo la existencia de genes erróneos que habría que descartar. Pero otros muchos resultaron ser genes que codifican para proteínas de la superficie de la bacteria, a menudo implicados en la resistencia a antibióticos y la virulencia de la misma. “Esto podría explicarse por el hecho de ser proteínas que van a estar en contacto con el sistema inmunitario de la persona cuando están produciendo una infección, y por ello deben cambiar rápidamente para no ser detectadas, de forma análoga a lo que ocurre en la naturaleza con las gacelas que necesitan correr más que el león que quiere cazarlas, o adquirir otras estrategias de escape que les permitan librarse del depredador”, explica Antonio Pérez Pulido.

Referencias:

  • Rubio A, Jimenez J, Pérez-Pulido AJ. Assessment of selection pressure exerted on genes from complete pangenomes helps to improve the accuracy in the prediction of new genes. Brief Bioinform. 2022 Feb 2;. doi: 10.1093/bib/bbac010.
  • Rubio A, Pérez-Pulido AJ. Protein-Coding Genes of Helicobacter pylori Predominantly Present Purifying Selection though Many Membrane Proteins Suffer from Selection Pressure: A Proposal to Analyze Bacterial Pangenomes. Genes (Basel). 2021 Mar 6;12(3). doi: 10.3390/genes12030377.

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7 hours ago
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📢 Atención estudiantes Erasmus Outgoing 🌍Si tienes movilidad anual o de primer semestre en el curso 2025/26, ya puedes realizar modificaciones en RAPMI.📅 Plazo: del 26 de septiembre al 9 de octubre de 2025⚠️ Importante: si tu destino es Polonia o Alemania, podrás subsanar o completar tu solicitud en el mes de noviembre.ℹ️ Más información en 👉 upo.es/aric/estudiantes-upo Si tienes alguna incidencia contacta con el ARIC a través de TIKA: https://www.upo.es/tika#Olavideinternacional #ErasmusUPO #estudiantes #internacionalización #UniversidadPablodeOlavide #RAPMI
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9 hours ago
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🌍 Nuestra enhorabuena al profesor @mrtorsor , catedrático de Ciencias Políticas y de la Administración de la UPO, reconocido en un reciente estudio internacional como una de las grandes referencias en la investigación sobre terrorismo yihadista.El trabajo, publicado en el repositorio SSRN (Authorship Patterns in Jihadism Research, Mark Berlin y Sedef Topal, 2025), ha analizado más de 1.200 artículos académicos y sitúa al profesor Torres como un autor clave en este campo, con aportaciones que han marcado la investigación en seguridad y prevención de la radicalización.📚 Con títulos como El Eco del Terror, Al Andalus 2.0 o Espejismos del Mañana, su trayectoria consolida a la Universidad Pablo de Olavide como un referente en el estudio del extremismo violento.🌍 Su labor también ha dejado huella en organismos internacionales, como el European Counter-Terrorism Centre de Europol.Un reconocimiento más que merecido. ¡Felicidades, profesor Torres!#UPOinvestiga #terrorismoyihadista #terrorismo #expertosUPO
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1 day ago
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🌙 Hoy hemos presentado en Sevilla la Noche Europea de l@s Investigador@s 2025, que llenará la ciudad de ciencia y actividades para todos los públicos el próximo viernes 26 de septiembre.🔎 Con más de 120 propuestas, investigadores e investigadoras de la UPO y de otras instituciones abrirán su trabajo a la ciudadanía con talleres, charlas y experiencias únicas: desde la micromovilidad eléctrica 🚲⚡ hasta la biotecnología de las estrellas 🌌.Nuestra vicerrectora de Investigación, Transferencia y Doctorado, Antonia Jiménez, ha recordado que este evento invita a "mirar el mundo con otros ojos y sentir que juntos, sociedad e investigación, podemos construir un futuro más abierto, participativo y emocionante para todos y todas".👉 Una cita para aprender, experimentar y disfrutar de la ciencia en todas sus formas.Consulta la programación completa aquí:🔗 https://lanochedelosinvestigadores.fundaciondescubre.es/sevilla/🔗 https://lanochedelainvestigacion.com/sede/sevilla-2/👀Lee la noticia completa en el link de la Bio.#NIGHTSpain #Sevilla #divulgacioncientífica #UPOinvestiga #investigación #universidadpablodeolavide
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2 days ago
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🌿 Damos un paso importante en nuestro compromiso con la ciencia y la biodiversidad: ayer inauguramos el Herbario UPOS, un espacio que ya reúne más de 25.000 ejemplares vegetales y que forma parte de la red internacional Index Herbariorum.Este herbario, ubicado en el Edificio 23, es mucho más que una colección científica. Aquí se conservan y estudian plantas de distintos lugares del mundo, con especial atención a la flora mediterránea y europea, para ponerlas al servicio de la investigación, la docencia y la conservación 🔬.La inauguración, presidida por nuestro rector @pacooliva.upo junto al profesor Modesto Luceño, fundador y conservador del Herbario, es un paso más en nuestro compromiso con la ciencia, la sostenibilidad y la conservación de la biodiversidad.Como ha destacado nuestro rector Francisco Oliva, se trata de “una enciclopedia vegetal que nos servirá para hacer investigación e historia viva en un campus como el nuestro que protege la biodiversidad. La investigación es lo que nos diferencia y lo que nos permite innovar y transferir conocimiento a la sociedad”.En palabras de Pedro Jiménez, próximo conservador del Herbario, “inauguramos un archivo de biodiversidad que documenta cómo fueron y cómo son estas plantas, dejando constancia para el futuro”.🌎 El Herbario UPOS es una ventana a la riqueza vegetal que nos rodea y una invitación a seguir investigando y valorando la naturaleza.Te dejamos la noticia completa en el link de la Bio.#HerbarioUPOS #botánica #UPOinvestiga #biodiversidad #herbario #plantas #flora #UniversidadPablodeOlavide
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🌿✨ El II Congreso Español de Botánica (SEBOT 2025) ha reunido en la Universidad Pablo de Olavide a la comunidad científica y amantes de la botánica para reflexionar sobre la diversidad vegetal y el futuro de su conservación.👏 Gracias a todas y todos los participantes por convertir Sevilla en el epicentro de la botánica durante estos días.#SEBOT2025 #Botánica #UPOinvestiga #LaOlavideEresTú
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👟 Hoy hemos dado la bienvenida a nuestras y nuestros deportistas de alto nivel y alto rendimiento (DAN/DAR).👉 En el acto, el vicerrector de Campus Saludable y Deporte, Antonio Fernández, ha presentado también el Estatuto del Deportista de la UPO y el nuevo programa UPO Sport Talent, creado para impulsar a estudiantes con gran proyección que compaginan su carrera académica con la deportiva🏅Esta actividad forma parte de la Semana Europea del Deporte, la iniciativa de la Comisión Europea que en 2025 cumple 10 años bajo el lema #BeActive, Move with us, Grow with us.📅 Del 23 al 30 de septiembre, nuestro campus será escenario de actividades abiertas a toda la comunidad universitaria para fomentar la salud, el bienestar y la práctica deportiva.Consulta aquí el programa de actividades: https://www.upo.es/sdupo/es/actividades/sed/#BeActive #SemanaEuropeaDelDeporte #UPOSportTalent #LaOlavideEresTú #estudiantes #Deporte
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3 days ago
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📢 Atención estudiantes de Grado,próximamente se abrirá el plazo para solicitar:✅ Convocatoria extraordinaria de noviembre (asignaturas)✅ Convocatoria extraordinaria de TFG y Prácticas Externas📅 Del 1 al 8 de octubre de 2025⏰ Desde las 8:00 h del día 1 hasta las 23:59 h del día 8 (ambos inclusive).📝 La solicitud deberá realizarse dentro del plazo a través del formulario habilitado en vuestros servicios personalizados en la web de la UPO.🔗 +info 👉 enlace en la Bio.#estudiantes #ConvocatoriasExtraordinarias #LaOlavideEresTú
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El otoño está llegando 🍁🍃📚#bienvenidootoño #campusUPO #universidadpablodeolavide
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