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A multidisciplinary research team led by the UPO University analyzes thousands of genomes of the iraqibacter

Jerónimo Pachón, Mª Eugenia Pachón, Eugenio L. Mangas, Antonio J. Pérez-Pulido, Alejandro Rubio and Federico Divina

The UPOBioinfo group, led by the professor Antonio J. Pérez-Pulido in the University Pablo de Olavide in Seville (Spain), together with the group of the Institute of Biomedicine of Seville, and the University Hospital Virgen del Rocío, and professors from the Data Science & Big Data Research Lab, with Federico Divina and Miguel García, started the analysis of around 2,500 genomes of A. baumannii in 2018. The project is part of the PhD thesis of Eugenio L. Mangas and they have now published the initial results in the journal of the Microbiology Society, Microbial Genomics. This is the first time that the complete set of genes of this bacterium has been proposed and it distinguishes between two different types of strains.

“On one hand there are strains that have a lower number of genes, which could be due to the immunity systems that they present. Specifically, these strains present systems called CRISPR-Cas, which are recently known and they would avoid the entrance of new genes into the bacterium. The other group of strains has barely immunity systems and it could allow to them to have a higher number of genes, specially from the extra-chromosomal structures called plasmids”, explains Dr. Pérez-Pulido. These strains could present genes involved both in virulence and antibiotic resistance much more easily, and the control of these bacterial immunity systems could be a powerful weapon against the infections by these kind of infectious organisms, says the researcher.

To analyze these thousands of genomes, tells Pérez-Pulido, was necessary to use the supercomputer in the Center of Scientific Calculation from UPO (C3UPO), where its system administrator performed differents in silico experiments, including phylogenies of the species.

The World Health Organization recently classified carbapenem-resistant A. baumannii as priority 1 for developing new antibiotics in the fight against the species, together with Pseudomonas aeruginosa, and the Enterobacteriaceae family. A. baumannii is a bacterium causing opportunistic infections in hospital environments. In fact, the species is responsible for more than 10% of intra-hospital infections, and causes different diseases such as pneumonia, bacteremia, infections of skin and soft tissues, endocarditis and urinary tract infections or secondary meningitis, among others. It mainly affects immunodeficient or hospitalized patients in the intensive care units, and produces one million of infections all over the world, with around 15,000 deaths.

The bacterium is dispersed by air in short distances, or by scaling of skin from colonized patients. But the predominant transmission mode is through hospital surfaces and devices, or by the hands of health workers. The high morbidity and mortality that A. baumannii presents is mainly due to it is a multidrug-resistant bacterium with strains which resist to the majority of usually used antibiotics. Finally, it is remarkable that infections by A. baumannii have increased from the time of the Iraq War in 2003, and it is thought that some strains from the bacterium come from wounds suffered by soldiers from this conflict, and so the bacterium is sometimes referred as iraqibacteria.

 

Complete article:
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000309?originator=authorOffprint&identity=173007&timestamp=20201018162715&signature=befaf542e1c2788aaefd3782dfecb173

Web of UPOBioinfo Group
http://www.bioinfocabd.upo.es/

Data Science & Big Data Research Lab
https://datalab.upo.es/

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4 days ago
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6 days ago
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🧡 24 de julio: Día Internacional del Autocuidado. La importancia del autocuidado para personas cuidadoras👩‍⚕️👨‍🦳 Para cuidar bien de otros, primero cuida de ti.📊 Según la OMS, millones de personas asumen roles de cuidado informal en el mundo, y muchas lo hacen sin red de apoyo ni herramientas de autocuidado. En España, el 10,6% cuida sin remuneración al menos una vez por semana, siendo más común entre mujeres de 45 a 64 años.🧠💔 El cuidado constante puede llevar al agotamiento físico y emocional, afectar el empleo, las relaciones y la salud. Por eso, el autocuidado no es un lujo, sino una necesidad.🌱 ¿Qué puedes hacer para cuidarte mientras cuidas?✨ Atiende tu salud física: aliméntate bien, duerme, haz ejercicio.✨ Gestiona tus emociones: respira, habla, busca apoyo psicológico si lo necesitas.✨ Guarda tiempo para ti: camina, lee, escucha música.✨ Rodéate de apoyos: pide ayuda, únete a grupos, infórmate sobre recursos.❤️ Cuidar también es cuidarse.Reconoce tus límites. Cuida tu bienestar. Porque tú también importas.#DíaDelAutocuidado #Autocuidado #SaludMental #Bienestar #universidadessaludables #universidadpablodeolavide #UPO
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1 week ago
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1 week ago
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🌿La UPO desarrolla un sistema de inteligencia artificial para predecir la plaga de la mosca del olivo.En un contexto de cambio climático y aumento de plagas, la inteligencia artificial y el análisis de datos multimodales pueden ser herramientas claves para marcar la diferencia en el campo.📡 En la UPO, el grupo Data Science & Big Data Lab ha desarrollado un modelo predictivo capaz de anticipar con una semana de antelación los picos de población de la mosca del olivo, una de las plagas más dañinas para este cultivo.🛰️ ¿Cómo lo hacen? Combinan imágenes de satélite Sentinel-2 con datos meteorológicos como temperatura, humedad o precipitaciones. ✅ Menos productos químicos✅ Agricultura más eficiente✅ Cultivos más sostenibles📌 El avance, publicado en la prestigiosa revista Information Fusion, es fruto de la investigación de Alicia Troncoso, Gualberto Asencio y el doctorando Andrés Chacón.🔗 Descubre más sobre esta investigación en el link de la Bio.#UPOInvestiga #IA #AgriculturaSostenible #CienciaUPO #MoscaDelOlivo #BigData
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1 week ago
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👩‍⚕️ En la UPO apostamos por sumar, por construir alianzas que fortalezcan la formación especializada y respondan a los retos de un sector que está en constante evolución.Por eso, celebramos este acuerdo con el  Colegio Oficial de Médicos de Sevilla @ricomsevilla, una colaboración que nos permite lanzar tres nuevas microcredenciales universitarias en medicina estética facial, en alianza también con la @clinicarociovazquez:💉 Abordaje estético del área perioral💉 Actualización en técnicas de rejuvenecimiento facial con materiales de relleno💉 Rinomodelación: abordaje integral en medicina estéticaUna oferta dirigida a profesionales de la medicina que buscan especializarse en técnicas mínimamente invasivas, con un enfoque riguroso, práctico y adaptado a las exigencias del mercado actual.🗓️ Inicio en noviembre🎓 Diploma de Experto si se cursan las tres microcredenciales📍 Modalidad híbrida: clases online y formación presencial con pacientes realesCon esta alianza damos un paso más en nuestra misión: ofrecer una formación de excelencia, con impacto profesional y vocación transformadora.📲 Más información en el enlace de la Bio. #formaciónpermanente #medicinaestetica #microcredenciales #UniversidadPablodeOlavide #medicina
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2 weeks ago
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🤝 ¡Buenas noticias para el deporte y la universidad!La Universidad Pablo de Olavide ha firmado un convenio con el Comité Olímpico Español @coe_es para la creación del Centro de Estudios e Investigación Olímpicos (CEIO-Olavide) 🏛️🥇Nuestro campus se incorpora así a una red internacional de centros reconocidos por el Comité Olímpico Internacional, dedicados a investigar, enseñar y difundir el legado y los valores del Movimiento Olímpico 🌍📚🏅 💬 "Apostamos por el deporte no solo como herramienta de formación integral, sino también como salud y bienestar", ha destacado nuestro rector, @pacooliva.upo Con esta alianza, impulsamos el estudio del Olimpismo desde una perspectiva académica, interdisciplinar y conectada con el mundo 🌐¿Sabías que España es el país con más centros olímpicos universitarios acreditados por el COI? 🤔Puedes leer la noticia completa en el link de la Bio.#UniversidadPablodeOlavide #MovimientoOlímpico #Olimpismo #Deporte #COE #JuegosOlímpicos
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