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A multidisciplinary research team led by the UPO University analyzes thousands of genomes of the iraqibacter

Jerónimo Pachón, Mª Eugenia Pachón, Eugenio L. Mangas, Antonio J. Pérez-Pulido, Alejandro Rubio and Federico Divina

The UPOBioinfo group, led by the professor Antonio J. Pérez-Pulido in the University Pablo de Olavide in Seville (Spain), together with the group of the Institute of Biomedicine of Seville, and the University Hospital Virgen del Rocío, and professors from the Data Science & Big Data Research Lab, with Federico Divina and Miguel García, started the analysis of around 2,500 genomes of A. baumannii in 2018. The project is part of the PhD thesis of Eugenio L. Mangas and they have now published the initial results in the journal of the Microbiology Society, Microbial Genomics. This is the first time that the complete set of genes of this bacterium has been proposed and it distinguishes between two different types of strains.

“On one hand there are strains that have a lower number of genes, which could be due to the immunity systems that they present. Specifically, these strains present systems called CRISPR-Cas, which are recently known and they would avoid the entrance of new genes into the bacterium. The other group of strains has barely immunity systems and it could allow to them to have a higher number of genes, specially from the extra-chromosomal structures called plasmids”, explains Dr. Pérez-Pulido. These strains could present genes involved both in virulence and antibiotic resistance much more easily, and the control of these bacterial immunity systems could be a powerful weapon against the infections by these kind of infectious organisms, says the researcher.

To analyze these thousands of genomes, tells Pérez-Pulido, was necessary to use the supercomputer in the Center of Scientific Calculation from UPO (C3UPO), where its system administrator performed differents in silico experiments, including phylogenies of the species.

The World Health Organization recently classified carbapenem-resistant A. baumannii as priority 1 for developing new antibiotics in the fight against the species, together with Pseudomonas aeruginosa, and the Enterobacteriaceae family. A. baumannii is a bacterium causing opportunistic infections in hospital environments. In fact, the species is responsible for more than 10% of intra-hospital infections, and causes different diseases such as pneumonia, bacteremia, infections of skin and soft tissues, endocarditis and urinary tract infections or secondary meningitis, among others. It mainly affects immunodeficient or hospitalized patients in the intensive care units, and produces one million of infections all over the world, with around 15,000 deaths.

The bacterium is dispersed by air in short distances, or by scaling of skin from colonized patients. But the predominant transmission mode is through hospital surfaces and devices, or by the hands of health workers. The high morbidity and mortality that A. baumannii presents is mainly due to it is a multidrug-resistant bacterium with strains which resist to the majority of usually used antibiotics. Finally, it is remarkable that infections by A. baumannii have increased from the time of the Iraq War in 2003, and it is thought that some strains from the bacterium come from wounds suffered by soldiers from this conflict, and so the bacterium is sometimes referred as iraqibacteria.

 

Complete article:
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000309?originator=authorOffprint&identity=173007&timestamp=20201018162715&signature=befaf542e1c2788aaefd3782dfecb173

Web of UPOBioinfo Group
http://www.bioinfocabd.upo.es/

Data Science & Big Data Research Lab
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24 hours ago
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Hoy hemos celebrado, junto al Grupo Joly, el encuentro ‘Formación y futuro: el impacto de las microcredenciales universitarias en el tejido empresarial’, un espacio de reflexión y debate sobre cómo las universidades públicas estamos respondiendo a los nuevos retos formativos del mercado laboral.📍 En el desayuno-coloquio, celebrado en el Hotel NH Collection de Sevilla, hemos contado con la participación del consejero de @universidadand @gomezvillamandos y representantes de las tres universidades públicas de la provincia: @unisevilla , @uniauniversidad y la UPO.💬 El rector @pacooliva.upo ha subrayado que las microcredenciales son “un proyecto estratégico” para la UPO: formación breve, flexible, de calidad, conectada con el tejido productivo y con alto impacto en la empleabilidad y la igualdad de oportunidades.🤝 El encuentro ha reunido a instituciones, empresas y asociaciones para compartir experiencias y explorar nuevas formas de colaboración. 🔗Tienes acceso a la noticia completa en el link de la Bio.#Microcredenciales #FormaciónContinua #UniversidadEmpresa #UniversidadPública #Empleabilidad #UniversidadPablodeOlavide
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2 days ago
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2 days ago
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👨‍💻 “No solo aprendemos a programar. Aprendemos a resolver problemas reales.”📣 @99_pjlazar estudia 4º de Ingeniería Informática en Sistemas de Información en la UPO y ya está realizando sus prácticas en la empresa Soltel, donde aplica todo lo aprendido durante estos años.💬 “La experiencia en la @eps.upo ha sido muy positiva. Contamos con personal docente apasionado por la enseñanza y cercano, que no solo explica contenidos, sino que se preocupa de verdad por que entendamos lo que estamos aprendiendo”.Pedro ha vivido esta formación también desde dentro, como delegado de clase y de Escuela, participando activamente en la mejora continua de los estudios: “Gracias al contacto directo con el profesorado hemos conseguido avanzar cada año, introduciendo mejoras a partir del feedback del propio alumnado. Es una experiencia que me ha enseñado mucho”.📚 Una de las claves que más valora es la metodología: “Nos alejamos del examen teórico tradicional y trabajamos cada vez más con evaluaciones prácticas, proyectos en grupo y simulaciones reales del entorno laboral. Esta forma de aprender no solo nos da conocimientos, también nos entrena para la realidad del sector tecnológico”.⚙️ En Soltel, Pedro ha descubierto que los retos que parecía lejanos en clase ahora forman parte de su día a día: “Muchas de las tareas que realizo están directamente relacionadas con lo que he aprendido. Me he sorprendido aplicando cosas que no pensé que llegaría a usar fuera del aula”.💡 ¿Y qué destaca de estudiar Ingeniería Informática en la UPO? “La capacidad para analizar, enfrentar y resolver problemas con creatividad. Esa es la competencia más valiosa para un ingeniero o ingeniera, y aquí la desarrollamos desde el primer curso”.🎓 Eligió la UPO por el campus integrador, donde conviven distintas disciplinas, y se queda con el ambiente cercano y humano de la Escuela.🚀 Si estás pensando en estudiar una carrera tecnológica con visión práctica, profesorado implicado y oportunidades reales, el Grado en Ingeniería Informática de la EPSUPO te está esperando. #IngenieríaInformática #LaOlavideEresTú #UniversidadPablodeOlavide #QuéEstudiar #GradosUniversitarios
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¡Muchísima suerte en los exámenes! 💪📚 #LaOlavideEresTú #estudiantes #exámenesUPO
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