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A multidisciplinary research team led by the UPO University analyzes thousands of genomes of the iraqibacter

Jerónimo Pachón, Mª Eugenia Pachón, Eugenio L. Mangas, Antonio J. Pérez-Pulido, Alejandro Rubio and Federico Divina

The UPOBioinfo group, led by the professor Antonio J. Pérez-Pulido in the University Pablo de Olavide in Seville (Spain), together with the group of the Institute of Biomedicine of Seville, and the University Hospital Virgen del Rocío, and professors from the Data Science & Big Data Research Lab, with Federico Divina and Miguel García, started the analysis of around 2,500 genomes of A. baumannii in 2018. The project is part of the PhD thesis of Eugenio L. Mangas and they have now published the initial results in the journal of the Microbiology Society, Microbial Genomics. This is the first time that the complete set of genes of this bacterium has been proposed and it distinguishes between two different types of strains.

“On one hand there are strains that have a lower number of genes, which could be due to the immunity systems that they present. Specifically, these strains present systems called CRISPR-Cas, which are recently known and they would avoid the entrance of new genes into the bacterium. The other group of strains has barely immunity systems and it could allow to them to have a higher number of genes, specially from the extra-chromosomal structures called plasmids”, explains Dr. Pérez-Pulido. These strains could present genes involved both in virulence and antibiotic resistance much more easily, and the control of these bacterial immunity systems could be a powerful weapon against the infections by these kind of infectious organisms, says the researcher.

To analyze these thousands of genomes, tells Pérez-Pulido, was necessary to use the supercomputer in the Center of Scientific Calculation from UPO (C3UPO), where its system administrator performed differents in silico experiments, including phylogenies of the species.

The World Health Organization recently classified carbapenem-resistant A. baumannii as priority 1 for developing new antibiotics in the fight against the species, together with Pseudomonas aeruginosa, and the Enterobacteriaceae family. A. baumannii is a bacterium causing opportunistic infections in hospital environments. In fact, the species is responsible for more than 10% of intra-hospital infections, and causes different diseases such as pneumonia, bacteremia, infections of skin and soft tissues, endocarditis and urinary tract infections or secondary meningitis, among others. It mainly affects immunodeficient or hospitalized patients in the intensive care units, and produces one million of infections all over the world, with around 15,000 deaths.

The bacterium is dispersed by air in short distances, or by scaling of skin from colonized patients. But the predominant transmission mode is through hospital surfaces and devices, or by the hands of health workers. The high morbidity and mortality that A. baumannii presents is mainly due to it is a multidrug-resistant bacterium with strains which resist to the majority of usually used antibiotics. Finally, it is remarkable that infections by A. baumannii have increased from the time of the Iraq War in 2003, and it is thought that some strains from the bacterium come from wounds suffered by soldiers from this conflict, and so the bacterium is sometimes referred as iraqibacteria.

 

Complete article:
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000309?originator=authorOffprint&identity=173007&timestamp=20201018162715&signature=befaf542e1c2788aaefd3782dfecb173

Web of UPOBioinfo Group
http://www.bioinfocabd.upo.es/

Data Science & Big Data Research Lab
https://datalab.upo.es/

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📅 Hoy comienza el plazo de automatrícula para quienes continuáis estudios de Grado o doble Grado en el curso 2025-2026, hasta el 11 de septiembre.✅ Consulta en tus Servicios Personales de la web de la UPO el día que tienes asignado para tu automatrícula, dentro del plazo señalado.Más información: https://www.upo.es/matricula/matriculate/#LaOlavideEresTú #automatrícula #estudiantes #grados2025 #UniversidadPablodeOlavide #UniversidadPública
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4 days ago
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🗓 🔈 El próximo martes comienza el plazo de matrícula para estudiantes que continúan sus estudios de Grado o doble Grado (curso 2025-2026):👉 Del 2 al 11 de septiembre.Una vez matriculado/a, la modificación de la matrícula se realizará exclusivamente entre las 16:00 y las 20:00 horas de cada día.Más información: www.upo.es/matricula/#LaOlavideEresTú #matrícula #Grados #estudiantes #curso202526 #UniversidadPablodeOlavide
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📚 Nuevo curso, nuevas metasSeptiembre ya está aquí y con él empieza una nueva etapa en la UPO. ¿Preparado/a para darlo todo este año? ¿comienzas tu etapa universitaria?¡Recuerda! Las clases arrancan el lunes 15 de septiembre y las Jornadas de Bienvenida a estudiantes de nuevo ingreso se celebrarán los días 10 y 11 de septiembre. En la Bio encontrarás el enlace al calendario académico para estudiantes que cursan estudios de Grado y doble Grado y toda la información sobre las Jornadas de Bienvenida. ¡Os esperamos! #LaOlavideEresTú #calendario #curso20252026 #UniversidadPablodeOlavide #Bienvenida
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Nuestro alumno Álvaro Hidalgo  @alvarohiidalgoo (-63 kg 🥋), de la Facultad de Ciencias de la Actividad Física y del Deporte, ha demostrado una vez más que el esfuerzo y el talento siempre brillan. Tras una gran victoria frente al cabeza de serie italiano, Álvaro se quedó a las puertas de las medallas, cayendo ante el francés que acabaría proclamándose campeón.Estuvo por delante durante todo el combate, pero la intensidad del enfrentamiento anterior, en el que incluso tuvo que ser atendido tras dos duros golpes, le pasó factura en los últimos segundos. Aun así, se lleva una meritoria quinta posición y el orgullo de representar a la UPO con garra y dedicación 💪¡Grande Álvaro! ☺️#LaOlavideEresTú #EUSACombat2025 #Taekwondo #TalentoUPO #Deporte
Nuestro alumno Álvaro Hidalgo @alvarohiidalgoo (-63 kg 🥋), de la Facultad de Ciencias de la Actividad Física y del Deporte, ha demostrado una vez más que el esfuerzo y el talento siempre brillan. Tras una gran victoria frente al cabeza de serie italiano, Álvaro se quedó a las puertas de las medallas, cayendo ante el francés que acabaría proclamándose campeón. Estuvo por delante durante todo el combate, pero la intensidad del enfrentamiento anterior, en el que incluso tuvo que ser atendido tras dos duros golpes, le pasó factura en los últimos segundos. Aun así, se lleva una meritoria quinta posición y el orgullo de representar a la UPO con garra y dedicación 💪 ¡Grande Álvaro! ☺️ #LaOlavideEresTú #EUSACombat2025 #Taekwondo #TalentoUPO #Deporte
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Como ya sabéis, las vacaciones van llegando a su fin y nuestro campus retomará poco a poco su rutina a partir del próximo lunes.Del 25 al 29 de agosto todos los edificios reabrirán sus puertas en horario de 7:30 a 15:00 horas, salvo el edificio 20 que abrirá de 7:00 a 15:00 horas y los edificios 44 y 47 que abrirán de 8:00 a 15:00 horas.La @bibupo.crai estará abierta del 25 al 29 de agosto de 9:00 a 14:00 horas. Durante la primera quincena de septiembre ampliará su horario de apertura de 9:00 a 19:00 horas.¡Nos vemos por la Olavide, listos para un nuevo año de retos y aprendizajes! 📚#UniversidadPablodeOlavide #agosto #campusUPO
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🥋🇪🇺 ¡Volvemos a Europa!Dos de nuestros estudiantes, miembros del club @taekwondoaljamar , representarán a la Universidad Pablo de Olavide en el European Universities Combat Sports Championships 2025, que se celebra en Varsovia (Polonia) del 22 al 25 de agosto.🔹 @pablotkd_05 (Grado en Nutrición Humana y Dietética) competirá en la categoría -54 kg de taekwondo.🔹 @alvarohiidalgoo (Grado en Ciencias de la Actividad Física y del Deporte) competirá en la categoría -63 kg de taekwondo.Desde la UPO les deseamos todo el éxito en este reto internacional. ¡Estamos con vosotros, Pablo y Álvaro! 🙌💪#LaOlavideEresTú  #EUSACombat2025 #Taekwondo #TalentoUPO #Deporte
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