En su primera época, el CEI – CamBio, recibió financiación del Ministerio de Educación y del Ministerio de Ciencia e Innovación, y, al cesar estas, por la Consejería de Economía, Innovación, Ciencia y Empleo de la Junta de Andalucía, financiación que se extinguió en 2020. Desde 2020 el CEI – CamBio ha sobrevivido por la buena voluntad de las personas responsables de los CEI – CamBio del consorcio, especialmente de Almería, Jaén, Cádiz, Huelva y Pablo de Olavide.
Durante este último periodo, la oficina de la UPO ha actuado como oficina de sostenibilidad para esta universidad, manteniendo colaboraciones puntuales, con las oficinas del consorcio, pese a la falta de la financiación específica para su funcionamiento. Al actuar como coordinadora, la Universidad Pablo de Olavide de Sevilla reconoce al CEI – CamBio como un proyecto de referencia, aunque con una dotación económica en consonancia a su función como oficina de sostenibilidad de la UPO. En el resto de las universidades, el consorcio CEI – CamBio ha perdido peso e influencia por la falta de apoyo económico de la administración.
En 2024, uno de los proyectos que forman parte de la iniciativa del Plan Complementario de BioDiversidad andaluz (PCB) surge con la intención de reactivar el CEI – CamBio en su versión extendida, por lo que se involucra a las personas responsables de las oficinas del consorcio. Además, a través de la línea de actuación preferente del PCB, denominada Red nacional de centros para el estudio y gestión de la biodiversidad, el CEI – CamBio se postula como un centro nacional de referencia junto a otros centros de investigación que participan en el Plan Complementario de Biodiversidad, en el ámbito nacional.