El Pilar III: Europa Innovadora, tiene como finalidad acelerar la transferencia de conocimientos y la generación de nuevas ideas, productos y servicios, impulsando especialmente la innovación de alto riesgo y carácter disruptivo basada en tecnologías deep tech como la inteligencia artificial, la genómica y multiómica, la robótica, las tecnologías cuánticas o el blockchain. Para que Europa pueda liderar esta nueva oleada de innovación, el programa aborda retos clave como el incremento de la financiación de riesgo, la mejora del acceso a los resultados de la investigación y la aceleración de la transformación de la ciencia en innovación con impacto económico y social.​

Este Pilar se estructura en tres componentes principales:

• a) Consejo Europeo de Innovación (EIC)
• b) Ecosistemas europeos de innovación (EIE)
• c) Instituto Europeo de Innovación y Tecnología (EIT)

A través del EIC, las universidades pueden participar en proyectos EIC-Pathfinder y EIC-Transition* para madurar resultados de investigación, desarrollar pruebas de concepto y facilitar la creación y escalado de start‑ups y spin‑offs de base tecnológica con apoyo financiero y de inversión.

Los EIE financian actuaciones que conectan y refuerzan ecosistemas regionales y nacionales de innovación, ofreciendo a las universidades la posibilidad de desplegar hubs, living labs, programas de aceleración y actividades de intermediación con empresas e inversores, con especial atención a regiones con menor intensidad innovadora.​

Por su parte, el EIT y sus Comunidades de Conocimiento e Innovación (EIT KIC) permiten a las universidades integrarse en partenariados que combinan educación superior, investigación y empresa, con oportunidades para desarrollar programas de máster y doctorado con sello EIT, actividades de emprendimiento académico y estudiantil, y proyectos de innovación conjunta con el tejido empresarial.

Tienen todos los Programas de Trabajo de Horizonte Europa en el siguiente enlace: Work programme & call document.