Investigación

Investigadores de la UPO generan modelos ‘in silico’ para identificar biomarcadores genéticos implicados en cáncer de pulmón

Desde la izquierda, Francisco A. Gómez, Miguel García, Federico Divina y Fernando M. Delgado en un laboratorio de informática de la UPO
Desde la izquierda, Francisco A. Gómez, Miguel García, Federico Divina y Fernando M. Delgado

Investigadores de la Universidad Pablo de Olavide, en colaboración con investigadores de la Universidad Americana de Paraguay, han llevado a cabo un estudio in silico, es decir, de simulación por ordenador, empleando datos biomédicos de 187 pacientes para identificar nuevos biomarcadores genéticos implicados en el proceso tumoral del cáncer de pulmón. El equipo multidisciplinar, liderado por el profesor Francisco A. Gómez, está compuesto por investigadores de Intelligent Data Analysis group y de Data Science & Big Data Research Lab de la UPO, entre los que se incluyen Fernando M. Delgado, Miguel García y Federico Divina.

El objetivo del proyecto es el de generar modelos matemáticos in silico de interacción genética empleando técnicas computacionales y de inteligencia artificial de alto nivel. En concreto, este tipo de modelo es denominado red genética y pretende representar las relaciones entre los diferentes genes de un organismo para un proceso biológico concreto de manera visual. Las redes genéticas se presentan visualmente en forma de grafo donde los diferentes genes están unidos por relaciones entre sí.  De esta forma, se puede decir que las redes genéticas presentan una ‘foto’ de los distintos tipos de interacción genética en determinados procesos o enfermedades.

Una vez generadas, el análisis de estas redes permite una mejor comprensión y estudio de los mecanismos moleculares y celulares implicados en el desarrollo de enfermedades, como es en este caso, el carcinoma pulmonar.  En concreto, este tipo de modelos supone una aproximación integrativa en el estudio masivo de la expresión génica, que permite considerar el conjunto de genes de los pacientes que están implicados en el desarrollo tumoral. “Nuestra comprensión sobre cómo interactúan los genes entre sí se ha visto potenciada gracias a este tipo de aproximaciones que son capaces de analizar miles de genes de forma simultánea”, explica Francisco A. Gómez.

Sin embargo, la generación de este tipo de modelos suele resultar inabarcable para un trabajo experimental tradicional en laboratorio debido a la ingente cantidad de información genética a estudiar. Es por esto que las nuevas técnicas computacionales de inteligencia artificial y de aprendizaje automático surgen como una solución para abaratar costes, acotar los experimentos en laboratorio y plazos de ejecución de estudios.

El trabajo realizado resulta muy relevante debido a que el carcinoma de pulmón supone uno de los tipos de cáncer más agresivos y con peor prognosis, debido principalmente a su diagnóstico tardío. Aún en estadíos tempranos de la enfermedad, las expectativas de recuperación total tras el tratamiento suponen un pronóstico devastador. Es por esto que son muchos los esfuerzos destinados a conseguir un diagnóstico temprano de la enfermedad, que contribuiría al optimismo del paciente. En este contexto, los biomarcadores suponen una sensible herramienta de diagnóstico precoz. Éstos son sustancias o moléculas obtenidas generalmente de forma no invasiva (como por ejemplo una muestra de sangre), y que son indicativos de la presencia de procesos tumorales. Además, de propósitos diagnósticos, los biomarcadores se pueden usar para determinar cómo de avanzada está la enfermedad y predecir la respuesta del paciente a un tratamiento. “Estos biomarcadores son piezas clave para el progreso en la lucha contra enfermedades como el cáncer”, subraya Francisco A. Gómez.

Los primeros resultados obtenidos han sido recientemente publicados en la revista especializada en campo de la genética, Genes, presentando un conjunto de biomarcadores verificados en un porcentaje considerable de casos clínicos.  Si bien los datos son preliminares y necesitan desarrollo experimental en el laboratorio, los resultados obtenidos resultan prometedores, ya que a través de este tipo de herramientas se pueden caracterizar más profundamente los mecanismos moleculares subyacentes a esta enfermedad para su posterior abordaje terapéutico.

Modelos de redes aplicables al estudio de otras enfermedades

La tecnología empleada supone un enfoque aplicable a multitud de casos clínicos ya que, además de para el estudio del carcinoma de pulmón, este tipo de modelos de redes genéticas han demostrado su utilidad en otro tipo de enfermedades, como las que afectan a la salud mental. Por ejemplo, según refleja otro reciente trabajo coordinado por Francisco A. Gómez, también en colaboración con Fernando M. Delgado, Miguel García y Federico Divina, estos modelos de redes son aplicables al estudio del estrés post- traumático.

En esta última investigación los modelos de redes génicas generados in silico sirvieron para distinguir exitosamente a nivel genético entre dos grupos de pacientes: un primero que presentaba signos de estrés post-traumático y un segundo sin evidencias de trastorno mental.

 

Artículo completo sobre modelos in silico para identificar biomarcadores genéticos implicados en cáncer de pulmón:
Delgado-Chaves, F.M.; Gómez-Vela, F.; García-Torres, M.; Divina, F.; Vázquez Noguera, J.L. Computational Inference of Gene Co-Expression Networks for the identification of Lung Carcinoma Biomarkers: An Ensemble Approach. Genes 201910, 962.
https://doi.org/10.3390/genes10120962

Artículo completo sobre modelos de redes genéticas aplicables al estudio del estrés post-traumático:
Gómez-Vela, F.; Delgado-Chaves, F.M.; Rodríguez-Baena, D.S.; García-Torres, M.; Divina, F. Ensemble and Greedy Approach for the Reconstruction of Large Gene Co-Expression Networks. Entropy 201921, 1139.
https://doi.org/10.3390/e21121139

> Press Release in English: UPO researchers create ‘in silico’ models used for identifying genetic biomarkers involved in lung cancer

 

12-13 Febrero

Seminario Internacional "Knowledge for Sustainability" - 12y 13 de febrero en Sevilla

@pablodeolavide

🖲 Este viernes ha tenido lugar el "Ingenieros en la UPO", un evento organizado por @esoliupo y la @eps.upo cuyo objetivo es la formación profesional y personal, intercambio de ideas y teambuilding entre el alumnado y profesorado de la Escuela Politécnica Superior, y ponentes de diversa índole. Ponencias, sorteos y un ambiente muy participativo y ameno han coronado esta jornada, ¡que han sido un total éxito entre sus asistentes! 😃

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hace 19 horas
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hace 3 días
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🧠 Un estudio reciente ha revelado que las proteínas tau y beta-amiloide, principales implicadas en el Alzheimer, afectan de manera diferente a los circuitos cerebrales. Mientras que tau provoca déficits de memoria en el hipocampo, la beta-amiloide desencadena alteraciones emocionales en la amígdala, como ansiedad y miedo.

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📍 Este hallazgo podría replantear las estrategias actuales para tratar el Alzheimer y abrir nuevas vías de investigación.

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hace 4 días
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👩👧 En la Universidad Pablo de Olavide nos unimos a la conmemoración del 11 de Febrero, Día Internacional de las Mujeres y las Niñas en las Ciencias, con el propósito de reconocer y visibilizar el papel de las mujeres en el avance del conocimiento y la innovación. A través de diversas acciones, queremos destacar sus logros, promover su liderazgo y generar referentes que inspiren a las niñas a seguir su curiosidad y talento sin barreras.

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¿Conoces las lagunas de la UPO? 🤔🦆

💧 Hoy 2 de febrero, se celebra el Día Mundial de los Humedales, ecosistemas esenciales para la vida en nuestro planeta. 

Podemos decir que los humedales son verdaderos refugios de biodiversidad, acogiendo más del 40% de las especies animales y vegetales 🦆. Sin embargo, su rápida degradación amenaza el equilibrio natural del que todos dependemos.

🌍 En nuestro campus, contamos con dos lagunas artificiales creadas en el curso 2012/13 con el objetivo de imitar los antiguos humedales de la ribera del Guadaíra. Aunque son artificiales, estos espacios acuáticos han permitido la recuperación de la biodiversidad en la zona, albergando vegetación y fauna característica de estos ecosistemas.

 ❓ ¿Sabes cómo funcionan nuestras lagunas? ❓

Las lagunas se nutren de la escorrentía de un arroyo temporal y los excedentes de riego del Real Club de Golf de Sevilla, lo que garantiza un caudal casi constante. En verano, el agua se evapora, siguiendo un ciclo natural que define su biodiversidad. Para evitar su colmatación, la Laguna Alta se vacía periódicamente para su mantenimiento.

🔎 Proteger y restaurar los humedales es clave para conservar la biodiversidad y mitigar los efectos del cambio climático. En la UPO, apostamos por su preservación como parte de nuestro compromiso con el medio ambiente 💚

📍 Si te ha interesado esta publicación, descubre más sobre la biodiversidad del campus en www.upo.es/campus-sostenible/biodiversidad

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🌿 ¡Bienvenido, febrero! 🌿

Después de unos días de lluvia, arrancamos este mes con un precioso cielo soleado  y con la belleza natural de nuestro campus universitario. La protagonista de hoy es la flor del mes: el Iris 🌼, una joya botánica que adorna las riberas y zonas húmedas con su vibrante color dorado.

El Iris no es solo una flor hermosa, sino que también tiene un significado profundo: representa la nobleza de corazón, la esperanza y la conexión entre el cielo y la tierra. En la mitología griega, Iris era la mensajera de los dioses, uniendo el mundo divino con el humano 💫

Además de su simbolismo, el Iris amarillo es un ejemplo de resistencia y equilibrio ecológico, ya que contribuye a la purificación del agua en su entorno 🌱

📸 Foto de Irene Mendoza, tomada en el campus UPO.

¿Has visto esta flor en el campus o cerca de tu casa? 🌼
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🌿 ¿Conoces las propiedades y los beneficios del Té Verde? 🍵

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hace 2 semanas
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❓ ¿Sabías que la Defensoría Universitaria actúa como mediadora en conflictos dentro de la UPO?

⚖️ Este órgano vela por los derechos de nuestra comunidad universitaria y fomenta la convivencia. 

📊 En el último curso gestionó 74 expedientes, con un alto porcentaje de resolución favorable. 

Pero, ¿cuáles son los principales desafíos y avances en estos años?

🗣️ Carlos Alarcón, Defensor Universitario, lo explica en esta entrevista (enlace en el link de la Bio)

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