Investigación

La UPO ‘rebusca’ pequeños genes perdidos del genoma humano

Antonio Pérez Pulido, Juan Jiménez, Manuel Muñoz y Andrés Garzón
Antonio Pérez Pulido, Juan Jiménez, Manuel Muñoz y Andrés Garzón

Comparar la genética con un libro que debe ser entendido y descifrado ayuda a comprender el paso que ha dado el equipo de investigación de la Universidad Pablo de Olavide, liderado por Juan Jiménez y Antonio Pérez Pulido, tras desarrollar una herramienta bioinformática para buscar pequeños genes perdidos en genomas secuenciados. “Para entender el significado de un libro no hay nada como leer su contenido y en el siglo XXI, leer la secuencia de los millones de millones de letras (nucleótidos) que conforman el texto de un genoma es una rutina para entender su contenido, para descifrar el significado de la información genética de los seres vivos”, explican los investigadores, que aclaran que la tarea de entender el significado del texto de un genoma pasa por identificar las ‘frases’ que contiene, es decir, en términos genéticos, identificar sus genes y anotarlos en el genoma. Esta ingente tarea solo se puede abordar con programas bioinformáticos que, aplicando reglas universales del lenguaje de los genes, delimitan donde comienza y donde termina cada uno, o al menos, donde comienza y termina la parte del gen que codifica para una proteína (lo que se conoce como ORF).

AnABlast permite identificar genes donde ningún otro programa lo hace

Lamentablemente, como subrayan los investigadores, a pesar de contar con excelentes programas de análisis computacional, esas reglas tienen muchas limitaciones y más del 20% de los genes escapan a un escrutinio básico a la hora de anotarlos en el genoma. La identificación es especialmente difícil en el caso de genes muy pequeños, que codifican para pequeños péptidos bioactivos (sORFs) que en estos programas pasan por ser secuencias aleatorias, sin significado biológico.

Es por ello que el equipo de la UPO ha desarrollado esta herramienta bioinformática completamente diferente para la búsqueda de ORFs, un algoritmo que busca pequeñas secuencias de un genoma que codifican péptidos presentes en muchas proteínas distintas, ‘palabras’ que con frecuencia se encuentran en muchas otras frases. De esta forma, identifican secuencias del genoma que con alta probabilidad codifican para proteínas.

Ese algoritmo, llamado AnABlast, permite identificar genes donde ningún otro programa lo hace. Aplicando el análisis AnABlast en el genoma completo del nematodo C. elegans (un modelo biológico de laboratorio), estos profesores, en colaboración con Manuel Muñoz y Andrés Garzón y otros miembros del grupo de investigación de Bioinformática para el análisis de secuencias biológicas, también profesores de la  UPO e investigadores en el Centro Andaluz de Biología del Desarrollo, han logrado identificar 82 nuevos sORFs en este organismo, varios de los cuales se demuestra experimentalmente que codifican péptidos bioactivos porque cuando se reduce su función, el nematodo no completa normalmente su desarrollo embrionario.

AnABlast, por tanto, supone una nueva estrategia bioinformática para ‘rebuscar’ genes perdidos en genomas secuenciados, una aproximación especialmente útil para encontrar aquellos genes que codifican péptidos muy pequeños (sORFs) que no se encuentran con otras aplicaciones. Tras demostrar que esta herramienta funciona con el genoma de un nematodo, el equipo de científicos explica que ha comenzado “la fascinante tarea de rebuscar los ‘genes perdidos’ del genoma humano”.

El trabajo parte de la tesis doctoral de Carlos S. Casimiro-Soriguer y ha sido publicado en Bioinformatics, una revista científica de referencia en este campo de estudio.

Artículo completo: C S Casimiro-Soriguer, M M Rigual, A M Brokate-Llanos, M J Muñoz, A Garzón, A J Pérez-Pulido, J Jimenez ‘Using AnABlast for intergenic sORF prediction in the C. elegans genome’ Bioinformatics, julio2020. DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa608

17 Febrero

Francisco Ayala y las Ciencias Sociales (cartel de la exposición con foto del autor)

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hace 3 días
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💘 ¡Feliz San Valentín desde el UPO! 

Hoy celebramos el amor en todas sus formas: el amor por el conocimiento, por la amistad, por la universidad… ¡y por estos rincones llenos de encanto que nos regala nuestro campus! 🌹 

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hace 4 días
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🎥 Mujeres en la Ciencia y el Deporte 🥅

👩🧠 "La ciencia es la diferencia". Como dice el lema del Colegio de Profesionales en Ciencias de la Actividad Física y el Deporte, la ciencia en el deporte abre puertas, crea oportunidades y, entre otros, mejora la seguridad en las instalaciones deportivas.

🏀⚽️ Marta García Gascón, profesora de nuestra Facultad de Deporte y directora de RIASPORT, anima a las niñas y jóvenes a explorar todas las opciones del mundo del deporte, incluida la gestión deportiva, un ámbito aún masculinizado en el que cada vez más mujeres están marcando la diferencia.

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💙 En el 11F visibilizamos mujeres referentes que inspiran y transforman. 

#MujeresyCienciasUPO #11F #DíaDelaMujeryDeLaNiñaEnLaCiencia #Deporte #GestiónDeportiva #RIASPORT #MOTIVA2 #UniversidadPablodeOlavide #UPO
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hace 4 días
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👩 La estudiante Cristina López Martínez del Doble Grado en Derecho y Administración y Dirección de Empresas, ha sido distinguida con la mención especial ‘Laudabilis’ en su Trabajo Fin de Grado, un reconocimiento que otorga la Facultad de Derecho UPO al estudiantado cuyo dictamen, exposición y trabajo continuo durante el TFG destaca por su excelencia.

Gracias a esta iniciativa — un proyecto de innovación docente impulsado por la profesora María Dolores Rego hace más de diez años— Cristina López obtiene este sello en la asignatura que pone fin a sus estudios de grado.

🎖El decano de la Facultad de Derecho ha entregado esta distinción, además de un diploma acreditativo a cada uno de los estudiantes seleccionados para defender su Trabajo Fin de Grado: Juana Bores Leal del Ojo, José Pérez Bellido, Natalia Rodríguez Álvarez, Luis Ruiz Montoro, Inés de León Macías y María del Pozo González, quienes culminan sus estudios en el Doble Grado en Derecho y Administración y Dirección de Empresas; Derecho y Relaciones Laborales; Derecho y Finanzas y Contabilidad; y Derecho y Administración y Dirección de Empresas en inglés.

En esta ocasión, el acto y la propia asignatura han tenido un acento especial en recuerdo de María Serrano, decana de la Facultad de Derecho entre los años 2015 y 2023 y fallecida en septiembre del pasado año, quien apoyó este proyecto desde sus inicios.

La Facultad de Derecho optó para el Trabajo Fin de Grado por un modelo que ha sido incorporado posteriormente por otras universidades españolas, tanto públicas como privadas. En concreto, el TFG se configura como una asignatura amplia, multidisciplinar y esencialmente práctica, en la que el y la estudiante, como en la vida real, afronta problemas jurídicos que se plantean como un todo interrelacionado, sin hacer apartados estancos por materias. 

La prueba final consiste en un caso práctico que, en una primera fase, deben resolver elaborando un dictamen jurídico que, posteriormente, deben exponer y defender ante un tribunal.

¡Enhorabuena a estos siete estudiantes excelentes y, en especial, a Cristina! 👏🔝

#TalentoUPO #Laudabilis #TFG #Derecho #UniversidadPablodeOlavide #UPO #FacultadDeDerecho
👩 La estudiante Cristina López Martínez del Doble Grado en Derecho y Administración y Dirección de Empresas, ha sido distinguida con la mención especial ‘Laudabilis’ en su Trabajo Fin de Grado, un reconocimiento que otorga la Facultad de Derecho UPO al estudiantado cuyo dictamen, exposición y trabajo continuo durante el TFG destaca por su excelencia. Gracias a esta iniciativa — un proyecto de innovación docente impulsado por la profesora María Dolores Rego hace más de diez años— Cristina López obtiene este sello en la asignatura que pone fin a sus estudios de grado. 🎖El decano de la Facultad de Derecho ha entregado esta distinción, además de un diploma acreditativo a cada uno de los estudiantes seleccionados para defender su Trabajo Fin de Grado: Juana Bores Leal del Ojo, José Pérez Bellido, Natalia Rodríguez Álvarez, Luis Ruiz Montoro, Inés de León Macías y María del Pozo González, quienes culminan sus estudios en el Doble Grado en Derecho y Administración y Dirección de Empresas; Derecho y Relaciones Laborales; Derecho y Finanzas y Contabilidad; y Derecho y Administración y Dirección de Empresas en inglés. En esta ocasión, el acto y la propia asignatura han tenido un acento especial en recuerdo de María Serrano, decana de la Facultad de Derecho entre los años 2015 y 2023 y fallecida en septiembre del pasado año, quien apoyó este proyecto desde sus inicios. La Facultad de Derecho optó para el Trabajo Fin de Grado por un modelo que ha sido incorporado posteriormente por otras universidades españolas, tanto públicas como privadas. En concreto, el TFG se configura como una asignatura amplia, multidisciplinar y esencialmente práctica, en la que el y la estudiante, como en la vida real, afronta problemas jurídicos que se plantean como un todo interrelacionado, sin hacer apartados estancos por materias. La prueba final consiste en un caso práctico que, en una primera fase, deben resolver elaborando un dictamen jurídico que, posteriormente, deben exponer y defender ante un tribunal. ¡Enhorabuena a estos siete estudiantes excelentes y, en especial, a Cristina! 👏🔝 #TalentoUPO #Laudabilis #TFG #Derecho #UniversidadPablodeOlavide #UPO #FacultadDeDerecho
hace 4 días
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📢 ¡Atención, estudiante! 

¿Te gustaría vivir una experiencia académica en otra universidad española? SICUE te permite realizar un intercambio dentro del país y enriquecer tu formación en un nuevo entorno universitario. 

📜 Ya está publicada la convocatoria de Estancias Académicas SICUE 2025/2026 en el Tablón Electrónico Oficial de la Universidad (www.upo.es/teo)

📅 Plazo de solicitud: del 13 al 28 de febrero de 2025.

✈️ ¡No dejes pasar esta oportunidad! Consulta toda la información y presenta tu solicitud.

#SICUE #MovilidadUPO
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✋ Las barreras no siempre son visibles, pero siguen ahí.

En las ciencias, y en el mundo académico y empresarial, las mujeres continúan enfrentando obstáculos más o menos sutiles que dificultan la igualdad real.

👱‍♀️ Bárbara Larrañeta, catedrática de la UPO, reflexiona sobre ello en este video. 

Seguimos celebrando el #11F #DiaInternacionalDeLaMujeryLaNiñaEnLaCiencia 

¡Porque la igualdad no es solo una meta, es un compromiso diario!

 #MujeresyCienciasUPO #UniversidadPablodeOlavide #UPO #Empresa
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🧪 Descifrando el ‘motor’ de las bacterias 🦠

Un equipo de investigación del @cabdivulgacion ha dado un paso clave en la comprensión de cómo las bacterias ensamblan y posicionan sus flagelos, unas diminutas estructuras en forma de hélice que funcionan como verdaderos motores biológicos ⚙️.

En un estudio liderado por Fernando Govantes y publicado en Microbiological Research, se ha descubierto cómo Pseudomonas putida, una bacteria con gran impacto en la agricultura y el medioambiente, logra formar sus flagelos en el lugar y momento exacto 🏗️. La clave está en tres proteínas esenciales: FimV, FlhF y FleN, que trabajan con precisión molecular para garantizar la movilidad de la bacteria tras su división celular.

Este hallazgo no solo amplía nuestro conocimiento sobre la movilidad bacteriana, sino que también abre la puerta a nuevas estrategias en biotecnología y salud.

🧐 ¿Sabías que el estudio de las bacterias puede ayudarnos a entender procesos biológicos complejos? 

🔗 Descubre más sobre esta noticia en el link de la Bio.

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📹👩‍🔬 Ariadna Crespo forma parte del Grupo de Investigación en Biología Celular en el @cabdivulgacion. Su trabajo se centra en estudiar una enfermedad rara denominada deficiencia primaria de Coenzima Q. Este es un compuesto con capacidad antioxidante, que os puede sonar por su uso en cremas y otros cosméticos (la famosa Q10). Pero su importancia va mucho más allá: es una molécula fundamental para que las mitocondrias de nuestro cuerpo puedan producir energía, aquella que nos permite realizar cada una de nuestras funciones vitales. 

🧬 Ariadna trabaja para mejorar las condiciones de vida de las personas y es referente para las jóvenes y niñas de las generaciones futuras. 

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🟣 UN CAMPUS LLENO DE TALENTO 

📢 Hoy, 11 de febrero, celebramos el Día de la Mujer y la Niña en la Ciencia con el testimonio de tres estudiantes de la UPO que representan el talento, la pasión y el futuro en diferentes disciplinas:

👩‍⚖️ Felicia Barrates | Doble Grado en ADE + Derecho

🌍📚 Carmen Fernández | Doble Grado en Traducción e Interpretación + Humanidades

💻🚀 Natalia Bermejo | Grado en Ingeniería Informática

Cada una de ellas nos demuestra que la ciencia, la innovación y el conocimiento no tienen barreras 👩💪

👩‍🔬 Las mujeres en la ciencia y en la universidad son presente y futuro. ¡Sigamos impulsando el talento sin límites!

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