EnGNet 1.0: Ensemble and Greedy Gene Networks

Descripción

Investigadores del Área de Lenguaje y Sistemas Informáticos de la Universidad Pablo de Olavide han desarrollado EnGNet 1.0, una aplicación informática que implementa una nueva metodología de explotación de datos de expresión genética denominada EnGNet, un nuevo algoritmo de dos pasos para la generación de redes de genes. Este programa es capaz de generar modelos biológicos empleando algoritmos de inteligencia artificial de alto rendimiento.


Necesidad o problema que resuelve

Las principales aplicaciones de esta nueva herramienta desarrollada en la Universidad Pablo de Olavide se centran en el campo de la Bioinformática y la Biomedicina. Así, por ejemplo con EnGNet 1.0 es posible llevar a cabo análisis biomédicos de diferentes procesos biológicos tales como análisis de biomarcadores, interacciones gen-gene entre otros. Actualmente la utilidad del software ha sido testada en el análisis del síndrome de estrés postraumático.

Y es que las redes genéticas se han convertido en una herramienta poderosa en el análisis integral de la expresión génica. Debido a la creciente cantidad de datos genéticos disponibles, los métodos computacionales para la generación de redes deben hacer frente a la llamada maldición de la dimensionalidad en la búsqueda de la fiabilidad de los resultados obtenidos. En este contexto, las técnicas de ensemble learning han mejorado significativamente la precisión de los resultados al combinar diferentes medidas, algoritmos o métodos.  Por otro lado, las técnicas de optimización topológicas también son importantes en la reducción del tamaño de las redes, no sólo mejorando su arquitectura de red sino también manteniendo significancia biológica.

EnGNet 1.0 es una aplicación informática que implementa una nueva metodología de explotación de datos de expresión genética denominada EnGNet.  EnGNet es un nuevo algoritmo de dos pasos para la generación de redes de genes. En primer lugar, el programa emplea una técnica de ensemble (“comité de máquinas”)  para la generación de redes de co-expresión genética.

En segundo lugar, un algoritmo voraz optimiza tanto el tamaño como las características topológicas de la red. Este método no sólo es capaz de obtener redes fiables, sino que también mejora significativamente las características topológicas.

 

Aspectos Innovadores/Ventajas competitivas

EnGNet 1.0 es la primera implementación con interfaz visual de la metodología EnGNet para la generación de modelos biológicos. Como principales ventajas y aportaciones para la generación de redes genéticas por parte de la aplicación podemos destacar las siguientes:

  •  El método es capaz de superar las limitaciones de una única medida de co-expresión para generar la red genética, gracias a una estrategia de ensemble.
  • El método también es capaz de realizar una optimización de la topología de la red final.
  • Los resultados del método muestran su potencial en el campo del descubrimiento y caracterización de biomarcadores.
  • La metodología seleccionada para la generación de los modelos (EnGNet) ha demostrado su superioridad respecto a los métodos estándares de generación de redes genéticas presentes en la literatura, por lo que supone un avance en el campo de estudio de la Bioinformática y en el estudio de procesos biológicos y enfermedades.
  • EnGNet 1.0 ofrece una instalación stand-alone por lo que no se requiere el uso de internet o navegadores para poder ejecutar el mismo. Además, el diseño de la interfaz se ha realizado para buscar la mayor sencillez y facilidad de uso posible, por ello se ofrece, por ejemplo un panel de “Log” dentro de la misma aplicación  donde el usuario podrá observar los diferentes mensajes que informen del estado de la ejecución y de una barra de progreso donde se podrá chequear el porcentaje realizado de la tarea.

Tipos de empresas interesadas

  • Empresas del sector Bioinformático y Biomédico.
  • Centros de investigación de los campos de la Bioinformática y la Biomedicina.

Nivel de desarrollo

Software inscrito en el Registro de Propiedad Intelectual. © Universidad Pablo de Olavide. Actualmente existe un prototipo testado en el análisis del síndrome de estrés postraumático.

Área tecnológica

BiotecnologiaTecnologías de la información y de la Comunicación (Tic)Biomedicina y Salud Pública

Equipo de investigación

Intelligent Data Analysis (TIC239)  > Más ofertas de este grupo

  • Autores: Francisco Antonio Gómez Vela, Fernando Miguel Delgado Chaves, Domingo Savio Rodríguez Baena, Miguel García Torres y Federico Divina.

  • Titular: © Universidad Pablo de Olavide.


Ficheros adjuntos


Contactar con la OTRI a través de nuestro formulario de contacto



Facebook   Twitter


 NUBE DE TAGS

Accede a la oferta tecnológica de interés para tu empresa desde esta nube de tags.

: Bioinformática Acuicultura aditivos Aeroespacial Agregación Agricultura Agua aguas residuales Alimentación alimentos funcionales almazaras análisis biomecánico anti-inflamatorios antienvejecimiento antiinflamatorio antioxidantes Apoptosis Aprendizaje-Servicio ApS Aromas Arqueología Bebidas Big Data BIO-MS bioadsorción Biocarbon biocidas biodiesel Biodiversidad Bioenergética Bioinformática biomasa algal Biomedicina Biopilas Bioquímica Biotecnología Biotecnología Bioinformática bombas de destoxificación bombas destoxificación C.elegans Cáncer cardiovascular Celdas biocombustibles Celiaquía Células madre celulosa ciudadanía CO2 Coeducación Coenzima Q comercio electrónico competencias plurilingües y pluriculturales Composición corporal Compostaje compromiso social compuestos bioactivos Comunicación internacional Comunidad Conservación Construcción Cooperación territorial Cosmética Cultura demográfia densiometría Deporte Derecho desastres naturales Diabetes Dietética Dispositivo de salto Drosophila Ecosistémica Edafología Educación Electricidad emergencias Emociones Empresas de Base Tecnológica Energía Energías renovables enfermedad cardiovascular enfermedad gaucher enfermedad hígado graso no alcohólica (EHGNA) Enfermedades lisosomales Enfermedades mitocondriales Enfermedades neurodegenerativas Enfermedades raras EnGNet enseñanza activa entorno urbano Entrenamiento deportivo envejecimiento enzimas Escrutineo de Alto Rendimiento Estrés Estrés hídrico Estudios Sociales explotación FE-SEM Fenotipaje Fibromialgia Fibrosis hepática Fisiología fotobiorreactores Ganaderia Gestión franquicias Gestión información hábitos de vida Hidrógeno Hidroponía hueso aceituna Idiomas igualdad de género Impacto Cruzado Impacto social Indicadores inflasomas Infraestructuras inmovilización de enzimas inmunotolerancia Inteligencia Artificial Internacionalización investigación social jueces gimnasia acrobática Jurídicos lactosa Lenguas Local macroalgas Maldi-Tof Maquinaria uso industrial material didáctico Materiales Medicina de precisión medicina regenerativa medioambientales Metagenoteca métodos activos Métodos Alternativos microalgas microbiota intestinal microscopía Microscopio Minería de Datos Miniería de Datos Miopatías congénitas modelo formativo MOFs NACH nanopartículas Nanotecnología naturales Neurociencia Neurociencias Neurogestión neuroimagen Neuromanagement Nuevas Tecnologías Nuevos Fármacos Nutrición obesidad infantil ocio Optimización Parkinson Participación Patentes patrimonio Pedagogía perfumes Personalidad Resistente pesticidas plaguicidas Proteómica Proteosoma Química Químicas Raman reactores enzimáticos Recursos Marinos Recursos naturales Rendimiento deportivo residuos resonancia magnética riesgo tóxico Robótica Root Simulators RSC RSE Running Ruralidad SACROAJIR® SACRODRAW® Salud Salud Pública SCT Seguridad Sensor FBRM Series temporales Sexado Aves Simulación Simulación Molecular Síndrome MELAS smart cities Social Media socialización socioeconómicos Sociología Soft Computing Software spin-off Suero lácteo Tecnologías Tercer sector terremotos Tic toxicología Traducción Transporte trata laboral turismo vertidos Videojuegos Zeolitas

Contacto


Si tienes cualquier duda o consulta ponte en contacto con nosotros


Contacto

Otri 2.o


Te invitamos a conocer y participar en las diferentes herramientas basadas en la web social donde se encuentra la OTRI

Leer más ...


Contacto