El C3UPO dispone de un cluster de supercomputación, que ofrece servicios a diferentes grupos de investigación para facilitar cálculos científicos. El clúster ofrece herramientas específicas a los grupos de investigación. De esta forma se facilita el trabajo al investigador, ya que puede trabajar en un solo entorno, sin la necesidad de migrar datos de un lugar a otro disponiendo de gran capacidad y rendimiento para trabajo en remoto.

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Cluster de supercomputación que ofrece servicios a diferentes grupos de investigación para facilitar cálculos científicos.

El clúster ofrece herramientas específicas a los grupos de investigación. De esta forma se facilita el trabajo al investigador, ya que puede trabajar en un solo entorno, sin la necesidad de migrar datos de un lugar a otro.

Características de hardware

• El clúster se compone de 45 nodos de cálculo.
• Esos 45 nodos cuentan con 1704 cores de cálculo.
  • 13 nodos (nodo01 - nodo13) x 24 cores/nodo = 312 cores.
  • 18 nodos (nodo14 - nodo31) x 40 cores/nodo = 720 cores.
  • 14 nodos (nodo32 - nodo45) x 48 cores/nodo = 672 cores.
• La memoria RAM de los nodos es la siguiente:
  • Los nodos nodo01-nodo12 tienen 62 GB de RAM.
  • El nodo nodo13 tiene 125 GB de RAM.
  • Los nodos nodo14-nodo31 tienen 92 GB de RAM.
  • Los nodos nodo32-nodo43 tienen 370 GB de RAM
  • El nodo nodo44 tiene 750 GB de RAM
  • El nodo nodo45 tiene 252 GB de RAM
• Todos los nodos tienen una carpeta scratch con la siguiente capacidad:
  • Los nodos nodo01-nodo12 tienen una capacidad de almacenamiento de 207 GB.
  • El nodo nodo13 tiene una capacidad de almacenamiento de 239 GB.
  • Los nodos nodo14-nodo31 tienen una capacidad de almacenamiento de 7,3 TB.
• Capacidad de 69 TB en un sistema de ficheros compartidos BeeGFS.
• SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management) como sistema de colas.
• Sistema Operativo CentOS Linux 7.2.
• Última ampliación de recursos destinada a entornos Big Data (512 cores y 6TB de RAM):
  • Se incorporan 2 nuevos nodos de login
  • Nodo master (hadoop masternode) que cuenta con 16 cores y 512 GB de RAM
  • 4 Nodes compute rendimiento: cr01-cr04. Cada nodo cuenta con 64 cores y 1024 GB de RAM
  • 4 Nodes compute capacidad: cc01-cc04. Cada nodo cuenta con 64 cores y 512 GB de RAM
  • Se crean nuevos sistemas de ficheros BeeGFS para uso exclusivo de cálculos Big Data, al que sólo este nuevo equipamiento tiene acceso:
    • Storage1 – 12TB nvme – RAID 0 - /mnt/beegfs-nvme
    • Storage2 – 7TB SSD – RAID6 - /mnt/beegfs-ssd
    • Storage3- 424TB SATA – RAID - /mnt/beegfs-sas

Sistema de colas

El clúster cuenta con el siguiente sistema de colas:

• Cola diaria. Los trabajos que se ejecuten en esta cola pueden durar como máximo 1 día. Limitada a 120 cores/usuario.

  >srun -n1 -N1 -p day hostname

• Cola semanal. Los trabajos que se ejecuten en esta cola pueden durar como máximo 7 días. Limitada a 120 cores/usuario.

  >srun -n1 -N1 -p week hostname

• Cola bimensual. Los trabajos que se ejecuten en esta cola pueden durar como máximo 14 días. Limitada a 80 cores/usuario.
   

  >srun -n1 -N1 -p week2 hostname

• Cola mensual. Los trabajos que se ejecuten en esta cola pueden durar como máximo 30 días. Limitada a 60 cores/usuario.

  >srun -n1 -N1 -p month hostname

• Cola bd. Para trabajos Big Data. Se necesitan permisos para hacer uso de la misma.

Características de los nodos

Los nodos permiten satisfacer necesidades específicas en función de sus características:

• SET1: Hace referencia al conjunto de nodos nodo01-nodo07.
• WEB: Hace referencia al nodo nodo08, encargado de realizar las peticiones solicitadas por el servidor web.
• GAUSSIAN: Hace referencia al conjunto de nodos nodo09-nodo12, que cuentan con mayor capacidad de almacenamiento.
• GPU: Hace referencia al nodo nodo13, que cuenta con GPU.
• SET2: Hace referencia al conjunto de nodos nodo14-nodo31.

Software instalado

• Bioinformática
  • ​bedtools - v2.18
  • Blast - v2.13
  • Blast+ v2.7.1
  • ​Bowtie2/2.3.2
  • ​TransDecoder - v3.0
  • Trinity - v2.4
  • Trinotate - v3.0

Lenguajes de programación soportados

• Java
• Perl
• PHP
• Python

Sistema de paralelización

• OpenMPI

Nota: Si necesita una solución personalizada, no dude en contactar con nosotros a través de la dirección c3upo_admin@upo.es

La infraestructura del clúster de supercomputación puede ser ampliamente utilizado por numerosos grupos de investigación pertenecientes a diferentes Áreas Científicas y Tecnológicas, entre las que se encuentran:

• Física, Química y Sistemas Naturales
• Biología Celular y Bioquímica
• Genética
• Microbiología
• Bioinformática y Biología Computacional
• Ingeniería de Sistemas
• Lenguajes y Sistemas Informáticos

El clúster de supercomputación constituye un servicio realmente necesario en el desarrollo de proyectos de investigación de gran embergadura.

Disponible para el cliente

Grupo de Bioinformática UPO-CABD. Area de Genética. Departamento de Biología Molecular e Ingeniería Química  > Más ofertas de este grupo